[Py008]|[Py008] gff文件处理2
根据第三列的type，提取mRNA及相应exon的信息。
【[Py008]|[Py008] gff文件处理2】和[Py005]是一样的，但是这次换一种处理思路。
思路：
? 每次读取一行，拆分为list；
? 将第三列的特征值追加到新命令的list（type）中；
? 如果第三列的特征值为mRNA，打印该行；
? 如果第三列的特征值为exon，并且通过true_exon函数判断符合“mRNA;
exon;
exon”之类的顺序，则打印该行。
?
import redef true_exon(list):
list = list[::-1]
list = ";
".join(list)
if re.match(r'(?:exon;
)+mRNA', list):
return True
else:
return Falsetype = []
outGFF = open('out.gff', 'w')
for line in open('in.gff'):
line_list = line.strip().split('\t')
type.append(line_list[2])
if line_list[2] == 'mRNA':
outGFF.write(line)
if line_list[2] == 'exon' and true_exon(type):
outGFF.write(line)
outGFF.close()
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