2018-12-19|2018-12-19 学习小组Day3笔记———邓力 2018-12-19学习小组Day3笔记———

Linux 环境下程序安装登录服务器

bzip yum install -y bzip2（自动安装bzip）

软件下载器（miniconda）

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

miniconda里下载
【2018-12-19|2018-12-19 学习小组Day3笔记———邓力】先安装激活

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装 source ~/.bashrc#来激活conda conda

设置镜像

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

conda list conda search fastqc conda install fastqc=0.11.7 -y #-y是自动安装,0.11.7是版本号 conda remove fastqc #卸载

conda 环境

conda info --envs#查看环境 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y#创建新环境及软件 source activate rna-seq #激活 conda remove -n rna-seq fastqc -y #自动卸载某个环境的软件 source deactivate #退出环境 conda remove -n rna-seq --all #删除环境