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五一完成Ubuntu安装及系统基本设置总结

五一三天基本每天都花了五六小时倒腾Ubuntu的安装和配置，主要参考了曹务强博主的博文在一步一步的装配。其中出现问题的部分又另行百度参考了很多其他各路大神的经验，最终得以解决，成功装配好。在此进行一个小总结，希望能对新手有所帮助。
Day1
参考曹务强博主的博文http://blog.sciencenet.cn/blog-505988-1084579.html 进行了Windows10系统下的Ubuntu子系统安装，因为系统默认是装在了C盘，所以就要将其迁移至空闲盘E盘，为此折腾了一番，也百度了各路方法，最终终于弄好了。其中遇到的问题和解决办法，以经记录在了自己的日记“在Windows10下安装Linux子系统步骤”中。这一天就这么倒腾完了。
Day2
接着参考曹务强博主的简文“使用Windows做生信 | WSL生信分析环境搭建”进行vim的设置，首先百度了如何在home目录下创建.vimrc文件，然后在某博主的博文（https://blog.csdn.net/lixiang0522/article/details/7581844）里看到了一种更简便的方法：直接在终端输入vim，即可进入vim的标准模式，然后键入i就进入到插入模式，在里面输入自己想要的设置之后按Esc键回到标准模式，然后再键入:w filename(保存文件到当前目录)，我键入了:w vimrc（直接以vimrc文件名保存在home目录下了）。然后键入:wq退出vim。具体操作及问题解决我记录在了日记“vim安装及设置”中。
Day3
开始给ubuntu添加国内下载源，还是参考曹务强博主的简文进行，但一开始就碰到问题了，首先是调用root权限的问题，解决办法见我的日记“vim安装及设置”。其次是我用vim sources.list命令一直显示无法打开sources.list文件，然后我看来一下那个sources.list是一个子目录，不是文件形式，于是我就干脆在下面创建了一个sources.list文件，然后就可以打开了，于是我就继续往下走，在里面添加阿里云下载源，添加好了之后就apt update命令更新源，更新成功后便用apt install -y r-base命令从阿里云镜像下载R试试，结果一直报错显示找不到该命令。最终通过各种百度折腾了半天无果，然后回看时注意到了这个cd /etc/apt（进入下载源文件存储文件夹）命令，才恍然明白我的打开路径出错了（我一直打开的是home目录ycw子目录下的sources.list文件）。然后以cd /etc/apt命令重新进入，再以vim sources.list命令打开其下的sources.list文件，进行如上添加下载源操作，再用apt update命令更新源，之后还是用apt install -y r-base命令从阿里云镜像下载R测试，结果安装成功了。
接着就开始安装bioconda了，参照曹务强博主的博文《使用Bioconda管理生信软件》。进行。我先用命令mkdir workspace在自己的home/ycw目录下创建了workspace目录(注意：一定要先进入到home/ycw目录路径后，再输入命令)至于怎么进入？参见我的日记“Linux下的基本命令详解”，然后cd /home/ycw/Workspace命令（注意cd后有个空格）进入软件安装目录，然后用wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令下载miniconda安装包（wget 后有一个空格）。下载完之后用bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令安装miniconda。安装过程中跳出来一个保存位置，其实直接enter就好了，它就会保存在home/ycw/Workspace目录下，但我当时又输入了workspace，故其最终保存在home/ycw/Workspace/workspace下。安装完成后，重新登录或者source ~/.bashr，安装完成后，我们还需要对环境变量进行添加，方便我们启动，无论是哪种内核（版本）的系统，都可以通过修改/etc/profile或者/etc/bashrc的配置信息来达到设置环境变量的目的。我是通过修改profile文件，输入命令sudo vi /etc/profile，然后输入密码后进入文件再输入i进入文件编辑，在文件的末尾加上下述代码：
#Anaconda
export PATH=$PATH:/home/ycw/workspace/workspace/Miniconda3/bin
然后按下ESC键，输入:wq，按下回车就保存退出了，最后重新载入配置文件，输入source /etc/profile，至此环境变量就配置好了。
打开终端(Terminal)，输入python3，测试是否安装成功。
安装成功后就要给conda添加Chanels以配置生物信息学软件源，还要添加国内源，解决下载慢的问题。在终端输入如下命令：
conda config --add channels defaults（由于自带了，所以就没有输入这个）
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
# 添加清华镜像加速下载
site=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
conda config --add channels ${site}/pkgs/free/
conda config --add channels ${site}/pkgs/main/
conda config --add channels ${site}/cloud/conda-forge/
conda config --add channels ${site}/pkgs/r/
conda config --add channels ${site}/cloud/bioconda/
【五一完成Ubuntu安装及系统基本设置总结】conda config --add channels ${site}/cloud/msys2/
conda config --add channels ${site}/cloud/menpo/
conda config --add channels ${site}/cloud/pytorch/
若在输完之后要更改以上命令，则用命令vim ~/.condarc进入，再键入i编辑修改，之后按Esc键退出编辑模式，再输入:wq保存并退出。
装配好之后便用Conda安装软件测试，我以安装grahplan树图为例，输入命令conda install graphlan，便开始安装了，安装完之后再用命令conda remove graphlan，卸载该软件。在这之前是先用的曹务强博主提供的Chanels和国内源，但再测试时一直报错，显示无法连接上国内源，所以上百度上找原因了，偶然看到了刘永鑫Adam博主的博文便尝试了一下，然后成功了。
添加Chanels和添加国内源部分内容参考博主刘永鑫Adam
原文：https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/82226929
其实最开始是想安装Anaconda的，经过一番尝试，一直没有找到方法，所以就开始安装Miniconda了，在安装Miniconda的过程中看到了一篇博文可以作为安装Anaconda的参考。博文链接如下：
Linux下安装Anaconda(64位)详细过程 - CoderYYN - CSDN博客 https://blog.csdn.net/ychgyyn/article/details/82258136
另，上述设置环境变量部分也参考了这篇博文。
五一小长假，今天的收获最多。

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