单基因研究——鉴定P4HA1基因在多个肿瘤中的预后价值单基因研究——鉴定P4HA1基因在

参考文献：https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/dna.2019.5170

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本篇文献既是一篇单基因纵向研究也是一个泛癌横向研究，深度和广度都兼顾的不错。
这项研究的目的是调查在肺癌（LC），乳腺癌（BC）和头颈癌（HNSC）中脯氨酰4-羟化酶亚基α-1（P4HA1）的表达及其与临床病理特征的关系，讨论P4HA1是潜在的诊断和预后生物标志物的可能性。摘要我就不说了，原文也很容易懂。
【单基因研究——鉴定P4HA1基因在多个肿瘤中的预后价值】脯氨酸4羟化酶(P4Hs)主要定位于内质网,通过识别胶原中的x-脯氨酸甘氨酸序列,催化脯氨酸残基的化。人P4H由两个亚基和两个β亚基组成,形成a22四聚体(A2b2),在胶原一螺旋结构的生物合成中起着重要作用。其中基由脯氨酰4羟化酶亚基阿尔法(P4HAS)合成,β亚基硫异构酶由脯氨酸4羟化酶基合成。（大家在进行单基因研究的时候一定也要把基因的研究进展和生化作用交代清楚）
结论：
1.P4HA1在LC、BC和hNSC肿瘤组织中的表达水平分别显著高于非肿瘤组织
2.在LC患者中,P4HA1的高表达与LC患者的年龄、肿瘤(T)、转移(M)、TNM分期显著相关(P<0.05)
而与性别、淋巴结浸润(N)无关(P>0.05)。
3.在BC患者中,P4HA1的高表达与孕酮受体和雌激素受体(ER)状态有关(P<0.05),而与性别、年龄、TNM期无关
4.hNSC患者P4HA1高表达与TNM、T、N、 M分期及组织学分级有关(P<0.05),与性别、年龄无关(P>0.05)
5.在所有三种癌症中,P4HA1在任何阶段(包括I II III和IV期的表达水平都明显高非癌症患者。
6. P4HA1相关基因主要丰富了细胞周期、卵母细胞减数分裂和病毒致癌作用
分析流程：

1.Data mining in TCGA

作者从TCGA数据库中筛选576例LC(517例肿瘤对59例非肿瘤)、797例BC(683例肿瘤对114例非肿瘤)和566例hNSC(522例肿瘤对44例非肿瘤)的标本
排除标准——(1)P4HA1表达缺失; (2)随访信息丢失; (3)TNM分期不确定; (4)伴有其他恶性肿瘤

2.Analysis of P4HA1 mRNA expression with clinicopathological features and prognosis

利用mRNA数据中P4HA1的表达水平将样本分组

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结合临床数据分析P4HA1在不同临床分期中的表达水平

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在肺癌中P4HA1与临床信息的统计学关系

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也就是前面分析的这个

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P4HA1高低表达与生存的关系，整体生存与无复发生存分开展示，这里面能看出还是有分的比较明显的组。

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在LC和BC中，P4HA1甲基化水平较高的患者比甲基化水平较低的患者预后更好

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免疫组织化学结果表明，与人类正常组织相比，P4HA1蛋白在这三种类型的肿瘤中表达上调

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蛋白互作预测和GO富集结果：基于完整的数据库，预测了70种蛋白质与P4HA1直接或间接相互作用，如COL5A2、PLOD1和PLOD3；
GO分析表明，P4HA1相关基因主要丰富转录、信号转导和代谢过程。KEGG途径分析表明，P4HA1相关基因主要丰富了细胞周期、卵母细胞减数分裂和病毒致癌作用

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通过皮尔森相关系数分析P4HA1与PLOD1、PLOD3、COL5A2呈正相关
在所有基因组合中，LL患者的OS最长

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总结：

这篇文献应用多个维度的数据（RNA 甲基化免疫组化临床信息）探讨了P4HA1在几大恶性肿瘤中的表达、预后影响和参与的代谢途径；还研究了P4HA1的关联基因和共同表达下对预后的影响。
但是用到的分析方法比较简单，主要是R、SPSS、Cytoscape和一些在线工具。
有条件做实验的同学可以探索一下这套流程