Pandas|Pandas 稀疏数据结构的实现

目录

  • 简介
  • Spare data的例子
  • SparseArray
  • SparseDtype
  • Sparse的属性
  • Sparse的计算
  • SparseSeries 和 SparseDataFrame

简介
如果数据中有很多NaN的值,存储起来就会浪费空间。为了解决这个问题,Pandas引入了一种叫做Sparse data的结构,来有效的存储这些NaN的值。


Spare data的例子
我们创建一个数组,然后将其大部分数据设置为NaN,接着使用这个数组来创建SparseArray:

In [1]: arr = np.random.randn(10)In [2]: arr[2:-2] = np.nanIn [3]: ts = pd.Series(pd.arrays.SparseArray(arr))In [4]: tsOut[4]: 00.4691121-0.2828632NaN3NaN4NaN5NaN6NaN7NaN8-0.8618499-2.104569dtype: Sparse[float64, nan]

这里的dtype类型是Sparse[float64, nan],它的意思是数组中的nan实际上并没有存储,只有非nan的数据才被存储,并且这些数据的类型是float64.


SparseArray
arrays.SparseArray 是一个ExtensionArray,用来存储稀疏的数组类型。

In [13]: arr = np.random.randn(10)In [14]: arr[2:5] = np.nanIn [15]: arr[7:8] = np.nanIn [16]: sparr = pd.arrays.SparseArray(arr)In [17]: sparrOut[17]: [-1.9556635297215477, -1.6588664275960427, nan, nan, nan, 1.1589328886422277, 0.14529711373305043, nan, 0.6060271905134522, 1.3342113401317768]Fill: nanIntIndexIndices: array([0, 1, 5, 6, 8, 9], dtype=int32)

使用 numpy.asarray()可以将其转换为普通的数组:

In [18]: np.asarray(sparr)Out[18]: array([-1.9557, -1.6589,nan,nan,nan,1.1589,0.1453,nan,0.606 ,1.3342])


SparseDtype
SparseDtype 表示的是Spare类型。它包含两种信息,第一种是非NaN值的数据类型,第二种是填充时候的常量值,比如nan:

In [19]: sparr.dtypeOut[19]: Sparse[float64, nan]

可以像下面这样构造一个SparseDtype:

In [20]: pd.SparseDtype(np.dtype('datetime64[ns]'))Out[20]: Sparse[datetime64[ns], NaT]

可以指定填充的值:

In [21]: pd.SparseDtype(np.dtype('datetime64[ns]'),....:fill_value=https://www.it610.com/article/pd.Timestamp('2017-01-01'))....: Out[21]: Sparse[datetime64[ns], Timestamp('2017-01-01 00:00:00')]


Sparse的属性
可以通过 .sparse 来访问sparse:

In [23]: s = pd.Series([0, 0, 1, 2], dtype="Sparse[int]")In [24]: s.sparse.densityOut[24]: 0.5In [25]: s.sparse.fill_valueOut[25]: 0


Sparse的计算
np的计算函数可以直接用在SparseArray中,并且会返回一个SparseArray。

In [26]: arr = pd.arrays.SparseArray([1., np.nan, np.nan, -2., np.nan])In [27]: np.abs(arr)Out[27]: [1.0, nan, nan, 2.0, nan]Fill: nanIntIndexIndices: array([0, 3], dtype=int32)


SparseSeries 和 SparseDataFrame
SparseSeries 和 SparseDataFrame在1.0.0 的版本时候被删除了。取代他们的是功能更强的SparseArray。
看下两者的使用上的区别:

# Previous way>>> pd.SparseDataFrame({"A": [0, 1]})

# New wayIn [31]: pd.DataFrame({"A": pd.arrays.SparseArray([0, 1])})Out[31]: A0011

如果是SciPy 中的sparse 矩阵,那么可以使用 DataFrame.sparse.from_spmatrix() :

# Previous way>>> from scipy import sparse>>> mat = sparse.eye(3)>>> df = pd.SparseDataFrame(mat, columns=['A', 'B', 'C'])

# New wayIn [32]: from scipy import sparseIn [33]: mat = sparse.eye(3)In [34]: df = pd.DataFrame.sparse.from_spmatrix(mat, columns=['A', 'B', 'C'])In [35]: df.dtypesOut[35]: ASparse[float64, 0]BSparse[float64, 0]CSparse[float64, 0]dtype: object

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