NetworkD3|NetworkD3 绘制动态基因调控网络图 NetworkD3绘制动态基因调控网络

操作系统：win10
R版本：R-3.3.3
前期准备
安装pandoc
下载链接：https://pan.baidu.com/s/1nvMA1Rz (感谢 @乔布斯的同学)
双击下载的程序包，进行安装。
命令提示符中输入 pandoc --version 检查安装是否成功
安装 networkD3 包

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")> biocLite("networkD3")

绘制基因调控网络图
力导向图可用于显示复杂的网络关系，这里我们用来绘制简单的基因调控网络图。

代码如下

> genelinks <- read.table("genelinks.txt", sep="\t", header=T) > genenodes <- read.table("genenodes.txt", sep="\t", header=T) #读入两个数据文件，文件内容及格式见下面> head(genelinks) source target valuecol 1102red 2202red 3402red 4332 green 5422 green 6512 green> head(genenodes) name group 1Gene1gene 2Gene2gene 3TF1TF 4 miRNA1 miRNA 5 miRNA2 miRNA 6Gene3gene> output <- forceNetwork(Links=genelinks, Nodes=genenodes, Source="source", Target="target", linkColour=genelinks$col, Value="https://www.it610.com/article/value", NodeID="name", fontSize=20, Group="group", opacity=0.8, zoom=TRUE, arrows=TRUE, opacityNoHover=0.7, legend=TRUE, height=600, width=600) #绘图> saveNetwork(output, "output.html", selfcontained=TRUE) #图像保存

结果展示（这里截取静态图，实际绘制结果为动态图）

文章图片
output.jpg

参数详解

output <- forceNetwork(Links=genelinks, #读入基因之间的关系列表，基因以数字为编号，从0开始；value可用来设置基因间连线的宽度 Nodes=genenodes, #基因信息，以对应编号的大小排序 Source="source", #指定Links文件中的源节点 Target="target", #指定Links文件中的靶节点 linkColour=genelinks$col, #指定连线的颜色，默认为单一颜色，这里用红、绿色分别表示某一基因对靶基因的正、负调控关系 Value="https://www.it610.com/article/value", #设定基因间连线的宽度 NodeID="name", #指定节点显示的标签 fontSize=20, #设定节点标签的字号，单位为像素 Group="group", #对节点进行分组，这里可根据基因的功能进行分组，配置不同颜色 opacity=0.8, #指定图像的不透明度 zoom=TRUE, #是否允许图像缩放 arrows=TRUE, #连线是否添加箭头，显示方向 opacityNoHover=0.7, #鼠标悬停前，节点标签的不透明度 legend=TRUE, #是否显示图例 height=600, #设置图像高度 width=600 #设置图像宽度 )