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▲蜥蜴亚目-缺肢蜥的后肢
蜥蜴亚目绝大多数保留了发达的四肢，也有四肢完全退化的蛇蜥，有四肢退化不完全的肢蛇蜥，还有前肢消失后肢残留的缺肢蜥 。
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▲有前肢的蚓蜥
蚓蜥亚目有的退化掉了四肢，有的保留了前肢 。
所以这三个亚目有着千丝万缕的联系，关系难以扯清 。
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2015年，古生物学家命名了一条在巴西发现的，距今1.13亿年古蛇化石Tetrapodophis amplectus，中文学名为四足蛇（中国方言里的“四脚蛇”是指某些蜥蜴） 。英国巴斯大学古生物学家Nick Longrich，在《科学》杂志上发表论文介绍说到：尽管有4条腿，但Tetrapodophis amplectus拥有明确将其标记为蛇类的其他特征 。因此，四足蛇被认为是最早的蛇类，也证实蛇类是由四足蜥蜴演化而来 。那为何蛇会退化掉腿，而蜥蜴却大多数保留了腿呢？原因可能是在于蛇类的祖先“下海”了 。
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▲蛇的骨骼
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▲蛇蜥的骨骼
根据出土化石表明，距今9000万年前的蛇类大多生活在海洋里或者沿海地带，因此，早期蛇类可能在进入海洋之后退化掉了四肢，演化出了透明的眼睑，以适应水生坏境，后来这些进入海洋四肢退化的蛇又返回陆地，演化出如今各种各样的蛇类 。
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而蛇类的祖先也可能并非普通的蜥蜴，而是一种崖蜥，崖蜥在进入海洋之后分为两批，一批成为蛇的祖先，另一批演化为著名的海爬家族——沧龙 。而现存的蜥蜴和蚓蜥则是由留在岸上的崖蜥演化而来 。蛇、蜥蜴、蚓蜥、沧龙同出一脉，它们都属于有鳞目 。
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