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chip seq分析,rnaseq分析

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TB tools | chipseq/DAPseqData分析，知乎文章:过程文章:从数据到igv的可视化分析:使用fastcq软件fastcq和multiqc软件合并多个qc结果 。atacseq(Assay for targeting Accessible chrominan high throughseqUecing)是一个开放区域，用于检测整个基因组中的染色质，以获得蛋白质的潜在结合位点，它不依赖于抗体，可用于寻找感兴趣的转录因子及其靶基因的结合区域 。

1、02高通量测序-ChIP-Seq简介注:本StatQuest基于对RNA seq的介绍，请先观看 ， 除非你完全了解RNA seq 。为了简化 ， 我们用这条蓝线来代表染色质(但要记住它是由DNA和组蛋白组成的) 。用这些棕色的大箭头代表基因 。让这个绿圈代表一个允许转录的组蛋白 。让这个红色的终止标记代表一个抑制转录的组蛋白 。在细胞中 ， 各种蛋白质都可以与DNA结合 。这个芥末色可能会促进这个基因的转录，这个粉色可能会抑制这个基因 。

例如 ， 我们想识别基因组中所有被绿色物质束缚的区域 。这是我们从ChIP seqreads创建的“磁道” 。许多读取被映射到下图的中间区域 ， 但是相对较少的读取被映射到其他区域 。下面的“轨迹”来自一个对照实验 。控制轨迹由原芯片seq实验的输入染色质组成 。而且不需要用抗体来富集任何特定的蛋白质，测序前所有的蛋白质都被洗掉了 。

2、ChIP- seq能研究哪些蛋白,只有转录因子吗?研究直接与DNA结合的蛋白质或调节这类蛋白质的因子是可以的 。搞清楚芯片的本质就是用抗体免疫沉淀蛋白质(包括DNA和在芯片的过程中仍能与这个蛋白质结合的蛋白质)，然后分析这个免疫沉淀中的DNA序列 。所以只要你能保证你关心的蛋白质和其他转录因子的结合不会在芯片的过程中被破坏，你就能达到你的目的 。
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3、ChIP-Seq,DAP-Seq与ATAC-Seq技术优势对比及选择染色质免疫沉淀 ， 芯片技术是将蛋白质-DNA复合物固定在活细胞状态下 ， 随机切割成一定长度范围内的小染色质片段 ， 然后用免疫学方法沉淀这种复合物 ， 特异性富集与目标蛋白质结合的DNA片段 。通过对目标片段的纯化和检测，可以获得蛋白质与DNA相互作用的信息 。通过蛋白质与DNA的相互作用分析目的基因与蛋白质已知目的基因的活性，该技术广泛应用于体内转录调控因子与目的基因启动子上特定核苷酸序列结合的研究 。

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