R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标数据挖掘深度学习机器学习算

原文链接：http://tecdat.cn/?p=6095 原文出处：拓端数据部落公众号读取样本数据

D=D\[!is.na(apply(D,1,mean)),\] ; dim(D)

## \[1\] 4167

查询部分数据（结果和预测因子）

head(D)

##time statusage albumin edema protime bili ## 14001 58.765232.601.012.2 14.5 ## 2 45000 56.446274.140.010.61.1 ## 3 10121 70.072553.480.512.01.4 ## 4 19251 54.740592.540.510.31.8 ## 5 15040 38.105413.530.010.93.4 ## 6 25031 66.258733.980.011.00.8

模型0和模型1的结果数据和预测变量集

outcome=D\[,c(1,2)\] covs1<-as.matrix(D\[,c(-1,-2)\]) covs0<-as.matrix(D\[,c(-1,-2, -7)\])head(outcome)

##time status ## 14001 ## 2 45000 ## 3 10121 ## 4 19251 ## 5 15040 ## 6 25031 `````` head(covs0)

##age albumin edema protime ## 1 58.765232.601.012.2 ## 2 56.446274.140.010.6 ## 3 70.072553.480.512.0 ## 4 54.740592.540.510.3 ## 5 38.105413.530.010.9 ## 6 66.258733.980.011.0 `````` head(covs1)

##age albumin edema protime bili ## 1 58.765232.601.012.2 14.5 ## 2 56.446274.140.010.61.1 ## 3 70.072553.480.512.01.4 ## 4 54.740592.540.510.31.8 ## 5 38.105413.530.010.93.4 ## 6 66.258733.980.011.00.8

推理

t0=365*5 x<-IDI (outcome, covs0, covs1, t0, npert=200) ;

输出

##Est. Lower Upper p-value ## M1 0.090 0.052 0.1190 ## M2 0.457 0.340 0.5660 ## M3 0.041 0.025 0.0620

M1表示IDI
M2表示NRI
M3表示中位数差异
图形演示

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参考文献
1.R语言绘制生存曲线估计|生存分析|如何R作生存曲线图
【R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标】2.R语言生存分析可视化分析
3.R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标
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5.R语言生存分析数据分析可视化案例
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