GWAS|颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的 GWAS|开发语言

相关软件，比如gapit，rMVP，都会自动出图，而GEMMA，GCTA则是需要后期自己作图。
无论是软件自动出图，还是需要自己作图，学习根据GWAS结果手动作图都是必须的。
我们一般使用qqman作图和cmplot两个包画GWAS的QQ图和曼哈顿图，后者颜色更漂亮。
这篇博客，介绍一下这两个包如何画GWAS的结果可视化图。
第一个是qqman，因为这个软件函数很方便。
安装qqman软件

# Install the stable release from CRAn install.packages("qqman") # 直接从Github上安装 devtools::install_github("stephenturner/qqman") # 从Github上安装最新的开发版 devtools::install_github("stephenturner/qqman",ref="dev")

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如果你只知道qqman，而不知道cmplot的话，这说明你还不太专业。
安装cmplot代码

install.packages("CMplot")

看一下cmplot包的出图：

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另外，cmplot也可以出这样的图：

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示例数据使用qqman中的gwasResults数据集：

library(qqman) data("gwasResults")dat = gwasResults head(dat)str(dat) table(dat$CHR)

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第一列是SNP的ID，第二列是染色体，第三列是物理位置，第四列是P值。
共有16470个SNP数据，共有22条染色体。
qqman作图 QQ图绘制
这里，只需要一列P值即可。

qq(dat$P)

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曼哈顿图
如果数据结构如上所示，直接调用数据即可：

manhattan(dat)

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当然，更通用的是指定染色体、物理位置、P值：

manhattan(dat, chr = "CHR", # 染色体 bp = "BP", # 物理位置 p = "P", # P值 )

这里，还可以设置阈值线，默认是5和8：

suggestiveline
Where to draw a “suggestive” line. Default -log10(1e-5). Set to FALSE to disable.

genomewideline
Where to draw a “genome-wide sigificant” line. Default -log10(5e-8). Set to FALSE to disable.

cmplot作图我们用同样的数据，使用cmplot作图。
qq图绘制

CMplot(dat,plot.type = "q",threshold = 0.05)

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对比一下cmplot和qqman的QQ图：可以看到，cmplot的QQ图更好看，而且还有置信区间！666

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曼哈顿图：
代码：

CMplot(dat,plot.type = "m",threshold = c(0.01,0.05)/nrow(dat),threshold.col=c('grey','black'), threshold.lty = c(1,2),threshold.lwd = c(1,1), amplify = T, signal.cex = c(1,1), signal.pch = c(20,20),signal.col = c("red","orange"))

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比较一下两个软件的曼哈顿图：可以看到，cmplot的作图更好看，不同染色体不同的颜色，不同阈值的结果不同的颜色。

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高级作图 SNP密度图

CMplot(dat,plot.type = "d",bin.size = 1e6, col = c("darkgreen","yellow","red"))

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环形曼哈顿图：

CMplot(dat,plot.type="c",r=0.5,threshold=c(0.01,0.05)/nrow(pig60K),cex = 0.5, threshold.col = c("red","orange"), threshold.lty = c(1,2),amplify = T, cir.chr.h = 2, signal.cex = c(2,2), signal.pch = c(19,20), signal.col=c("red","green"),outward=TRUE)

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注意，这个图，很多参数都是默认的，具体还可以再设置美观一下，但是轮廓图是有了！
合并密度图和圆形曼哈顿图：

CMplot(dat,plot.type="c",r=0.4,col=c("grey30","grey60"),chr.labels=paste("Chr",c(1:22),sep=""), threshold=c(1e-6,1e-4),cir.chr.h=1.5,amplify=TRUE,threshold.lty=c(1,2),threshold.col=c("red","blue"),signal.line=1,signal.col=c("red","green"),chr.den.col=c("darkgreen","yellow","red"), bin.size=1e6,outward=FALSE,file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

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