哪些蛋白质二级结构预测软件可以批量使用()
1. JPred: http://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred/index.html,网页版,且只能一次提交一个
2. ProtPredicct: http://predictprotein.org,也是网页版,一次提交一个
3. PsiPred: http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/, UCL开发的,软件很小,可以本地化批量操作,但是使用前得安装psi-blast和Impala,我试了好多次才成功,对新手来说不是很友好。
4. SCRATCH-1D: http://download.igb.uci.edu/, UCI开发的,软件有2.7个G,确实很大,但是好处是集成了所有要用的软件,基本上下载下来的就能用,现在就说说怎么安装
先下载软件,推荐用Linux下的wget命令,会快很多:wget http://download.igb.uci.edu/SCRATCH-1D_1.1.tar.gz
剩下的步骤:
To install SCRATCH-1D, unarchive the downloaded tarball :
tar -xvzf SCRATCH-1D_1.1.tar.gz
Change directory to the resulting folder :
cd SCRATCH-1D_1.1
Run the provided installation script :
perl install.pl
检验是否安装成功:
To test the software installation, change directory to the 'doc' sub-folder :
cd
Run SCRATCH-1D on the provided test dataset:
../bin/run_SCRATCH-1D_predictors.sh test.fasta test.out 4
【哪些蛋白质二级结构预测软件可以批量使用()】根据我这几次的安装经验,基本上没有安装失败的,因为此软件是基于Perl写的,只要是Linux系统,肯定是自带Perl的
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