分析测序杂合度
因为minia使用会断，不知道为何，而reduands安不上服务器，
故想着使用soapdenove2组装
第一步是质量控制，用fastp即可
二，基因杂合度。
home/train/biosoft/gce-1.0.0/kmerfreq/kmer_freq_hash/kmer_freq_hash
-k 17 -l read_list -i 450000000 -t 64-p species &> kmer_freq.log
home/train/biosoft/ gce-1.0.0/gce -f species.freq.stat
-c 41 -g 268799832 -m 1 -D 8 > species.table 2> species.log
三，建树
【分析测序杂合度】max_rd_len=100
[LIB]
avg_ins=300
reverse_seq=0
asm_flags=1
rd_len_cutoff=100
rank=1
q1=mh1_1.fq
q2=mh1_2.fq
soapdenove2 配置文件
组装代码
/home/train/biosoft/SOAPdenovo2-r241/SOAPdenovo-127mer all -s config.txt -o out_mh -K63 -p 64 -d 2 -R -k 45 -F -L 65 1> ass.log 2> ass.err &推荐阅读
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