Seurat|Seurat Weekly NO.12 ||205页的教程
天子呼来不上船,在这里,和国际同行一起学习单细胞数据分析。
自称臣是菜鸟团。
Seurat V4 的教程页面做了全面的改进,用
pkgdown
构建了新的教程体系:![Seurat|Seurat Weekly NO.12 ||205页的教程](https://img.it610.com/image/info10/4eee28a2ee8a49a2a6429dc1e0fd227d.jpg)
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可以说是从其开发团队独立出来了,但是他们依然十分热心地在Github上耐心地回复着来自全球用户的问题,尽管很多问题都可以通过检索得到答案。GitHub上的Issues列表已经4k多了。还是建议大家在学习的时候,直接打开官网教程,不要copy不知道哪来的教程,一个是版本更新,一个是写教程的人水平有限。新的教程更加详细,也打开了单细胞新的应用场景:
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这些分析点交给公司做,不知道他们要收你几何钱,关键还很慢。所以,代码在这了,何不学起来?卿言多务,孰若孤?如何系统学习一个R包?你是如何知道这些功能的,为什么我下载安装之后,很多已经有的函数我却不知道呢?不要以为开始一个R包的姿势是这样的:
install.packages('Seurat')
library(Seurat)
成年人的学习是从读文档开始的。如何找到所有函数的文档呢?要知道在R里面想要问一个函数,首先要知道这个函数名。其实CRAN系统已经为我们准备好了一个R包的所有函数,所有参数的文档说明。在Seurat的CRAN的界面上可以看到有这些信息:
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其中:
- 1 用户手册。我们Seurat Weekly 之所以能够写道十二期,就是因为主理人读过Seurat的每一个函数,每一个参数的介绍,V4的手册一共205页。我们可以用
pacman
查看有多少个函数:
packageVersion('Seurat')
[1] ‘3.9.9.9005’
>library(pacman)
> length( p_functions("Seurat"))
[1] 274
当然并不是都是显式的函数,200还是有的。
- 2 当前V4.0.0的源代码。有Windows安装用的文件和Linux的源码。
- 3 macOS的文件。其实每一个托管在CRAN上面的R包,都会提供这个三个主流系统的源码,保证跨平台的R都可以安装使用。
- 4 旧版本的源码。有时候我们想要安装旧版本的,却不知道在哪下载,就这里了:
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学习新的工具,我们的建议是先用教程数据熟悉工具,再来分析自己的数据。先练武再打仗,但是切记:模仿总有边界,学习永无止境。不要被教程限制,学完了就应该想着如何超越。尼采说:人,生来是要被超越的。
【Seurat|Seurat Weekly NO.12 ||205页的教程】https://cloud.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html
https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/
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