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疫情|北京新发地疫情病毒来自何方？最新研究揭示可能源于冷链食品污染( 二 )


综合上述结果 ， 同时确认S14号摊位的工作人员未接触过疑似或确诊新冠病毒感染者 ， 且5月至6月初期北京也无报告新增感染病例 ， 提示病毒极可能来源于境外输入 。进一步调查显示 ， S14号摊位售卖的物品中冰鲜三文鱼是唯一来自境外的商品 ， 且摊主曾于5月30日从某供应商（X公司）处采买过从存在新冠病毒疫情国家进口、包装完整的三文鱼 ， 在市场内切割处理后零售 。为此 ， 对新发地市场内所有三文鱼供应商的冷库进行了采样检测 ， 发现X公司有5份鱼体拭子样本呈新冠病毒核酸阳性 ， 其中1份未开封鱼体拭子样本中测序获得的病毒基因组序列与本次疫情中人和环境样本中的病毒高度同源 。
因未能从鱼体上分离获得活病毒 ， 因此尚无法证明鱼体上的病毒活力 。但是将高质量病毒基因组序列特征分析与流行病学调查结合 ， 提示来自境外疫情高发区的冷链进口食品极有可能为本次新发地疫情病毒源头 。在本文发表过程中 ， 中国疾控中心报告从青岛获取的冷链食品中分离出新冠病毒 ， 进一步提示冷链食品可能是新冠病毒传播的重要途径 。本研究对于揭示北京新发地疫情的病毒来源提供了重要证据 ， 为优化疫情常态化防控策略提供了重要依据 。
该论文的完成 ， 体现了多个研究机构中不同专业背景科研人员之间的精诚合作 ， 也为今后类似复杂问题的快速解决提供了一种有效的方案 。北京市疾病预防控制中心新冠病毒肺炎防控和检测组参与完成现场调查、样本采集和核酸筛查 。中国医学科学院病原生物学研究所王健伟/任丽丽研究团队在P3实验室完成了样品的核酸测序前处理流程 。清华大学王建斌课题组与北京大学黄岩谊课题组发展的快速基因组测序样品处理方法为新发地疫情关键样品的准确快速病毒测序提供了技术基础和实验支持 。中国科学院北京基因组研究所李明锟课题组完成了对关键样品序列的分析 。该工作得到了北京市政府的统筹协调和相关部门的大力支持 ， 得到了科技部、国家自然科学基金委员会、北京未来基因诊断高精尖创新中心和北京结构生物学高精尖创新中心的资助 。快速响应的高通量测序工作得到了北京大学ICG/BIOPIC高通量测序平台的积极协助 。
北京市疾病预防控制中心庞星火主任医师、吴双胜主管医师 ， 中国医学科学院病原生物学研究所任丽丽研究员和中国科学院北京基因组研究所研究生马文泰为论文共同第一作者 。中国医学科学院病原生物学研究所王健伟研究员 ， 北京大学北京未来基因诊断高精尖创新中心/生物医学前沿创新中心/化学学院黄岩谊教授 ， 清华大学(北京)结构生物学高精尖创新中心/生命科学学院王建斌研究员 ， 中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）李明锟研究员 ， 北京市疾病预防控制中心王全意研究员、潘阳副研究员为共同通讯作者 。
新冠疫情发生之初 ， 为了尽快监测新冠病毒变异的特征 ， 进一步解析这一新型病毒的流行病学特点和潜在风险 ， 清华大学生命学院及结构生物学高精尖创新中心王建斌课题组投入到新冠病毒全基因组测序技术的研发工作 ， 与北京大学和地坛医院合作者联合开发出一种灵敏简单的新型冠状病毒测序手段MINERVA（www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.25.060947v2） ， 它建立在之前发展的SHERRY方法之上 ， 兼容新冠病人常见的临床样本类型 ， 并通过特异性的富集 ， 来获取高覆盖度和高深度的新冠病毒基因组数据 。除新发地疫情传播研究外 ， 王建斌课题组还与地坛医院、北京大学、中国医学科学院病原生物学研究所、中国科学院北京基因组研究所的科研团队合作开展多项新冠相关科研项目 ， 部分成果已被接收待刊 。

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