生信分析常用基因组数据库汇总
【原创】生信分析常用基因组数据库汇总
一、综合性基因组数据库
1、NCBIAssembly
目前最常用的综合性基因组数据库，没有之一（毕竟 NCBI ~）
网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/?term=
2、CNGB
中国国家基因库生命大数据平台
网址：https://db.cngb.org/
3、GigaDB
网址：http://gigadb.org/
二、动物基因组数据库
1、Ensembl 系列
Ensembl：http://asia.ensembl.org/index.html
EnsemblMetazoa：http://metazoa.ensembl.org/index.html
EnsemblProtists:http://protists.ensembl.org/index.html
2、UCSC
网址：http://genome-asia.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?redirect=manual&source=genome.ucsc.edu
三、植物基因组数据库
1、EnsemblPlants
网址：http://plants.ensembl.org/index.html
2、JGI-Phytozome
网址：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
3、PlantGDB
网址：http://www.plantgdb.org/
四、微生物基因组数据库
0、MicrobesOnline
微生物综合性基因组数据库
网址：http://www.microbesonline.org/
1、真菌基因组数据库
1.1、EnsemblFungi
网址：http://fungi.ensembl.org/index.html
1.2、JGI-Mycocosm
【生信分析常用基因组数据库汇总】网址：https://mycocosm.jgi.doe.gov/mycocosm/home
2、细菌基因组数据库
2.1、EnsemblBacteria
网址：http://bacteria.ensembl.org/index.html
2.2、JGI-IGM/M
网址：https://img.jgi.doe.gov/
五、特殊物种基因组数据库
0、illuminaiGenomes
常见物种各版本基因组数据下载汇总
网址：https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html
1、植物
模式植物及农作物Gramene：http://www.gramene.org/
拟南芥Arabidopsis thalianaTAIR
AIR：http://www.arabidopsis.org/
SIGnAL：http://signal.salk.edu/
RARGE：http://rarge.psc.riken.jp/
水稻riceNipponbareZS97 and MH63
Rice Genome Annotation Project：http://rice.plantbiology.msu.edu/
RAP-DB：http://rapdb.dna.affrc.go.jp/
Rice Information GateWay (RIGW)：http://rice.hzau.edu.cn/rice/
国家水稻数据中心：http://www.ricedata.cn
麦类作物GrainGenes：https://wheat.pw.usda.gov
URGI：http://wheat-urgi.versailles.inra.fr/
莴苣（生菜）Lettuce Genome Resource ：http://lgr.genomecenter.ucdavis.edu/Home.php
蔷薇科Genome Database for Rosaceae（GDR）：https://www.rosaceae.org
大豆SoyBase：https://www.soybase.org/
豆类Pulse Crop Database（PCD）：https://www.pulsedb.org/
玉米MazieGDB：https://www.maizegdb.org/
柑橘属Citrus Genome Database：https://www.citrusgenomedb.org/
甜橙Orange (Citrus sinensis) Genome Annotation Project：http://citrus.hzau.edu.cn/orange/
越橘属Genome Database for Vaccinium：https://www.vaccinium.org/
葫芦科Cucurbit Genomics Database：http://cucurbitgenomics.org/
茄科SOL genomics network：https://solgenomics.net/
芸薹属Brassica Database：http://brassicadb.org/brad/
杨柳类AspenDB：http://aspendb.uga.edu/
硬木类Hardwood Genomics Project：https://www.hardwoodgenomics.org/
挪威云杉Congenie：http://congenie.org/
芭蕉类Banana Genome Hub：http://banana-genome.cirad.fr
棉花CottonGen：https://www.cottongen.org/
可可Cacao Genome Database：https://www.cacaogenomedb.org/
猕猴桃Kiwifruit Genome Database：http://bioinfo.bti.cornell.edu/cgi-bin/kiwi/home.cgi
2、动物
小鼠Mouse Genome Informatics：http://www.informatics.jax.org/
大鼠Rat Genome Database（RGD）：http://rgd.mcw.edu/
果蝇FlyBase：http://flybase.org/
斑马鱼The Zebrafish Information Network（ZFIN）：http://zfin.org/
线虫WormBase：https://www.wormbase.org
非洲爪蟾XenMine：http://www.xenmine.org/xenmine/begin.do
疟原虫PlasmoDB：https://plasmodb.org
牛BGD：http://bovinegenome.org
3、微生物
大肠杆菌EcoCyc：https://ecocyc.org/links.shtml
酵母菌The Saccharomyces Genome Database (SGD)：https://www.yeastgenome.org
念珠菌Candida Genome Database：http://www.candidagenome.org/
4、其他
植物+作物寄生虫URGI：http://urgi.versailles.inra.fr/Species（）
文章参考：
《【收藏】常用的基因组数据库汇总》链接：http://www.360doc.com/content/18/0127/20/19913717_725596003.shtml
《数据库》链接：http://www.360doc.com/content/18/0803/15/29780055_775410765.shtml
《植物基因组数据库》链接：https://www.jianshu.com/p/3b3f332ac3e2
《基因组数据库-一个物种的官网》链接：https://www.plob.org/article/6674.html
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