路径和环境路径和环境

参考：生信技能树
https://www.bilibili.com/video/BV1ds411g7eg?p=5

什么是环境变量 bash shell 通过一种叫做环境变量，environment variable 的特性来存储有关shell 会话和工作环境的信息。
这项信息允许你在内存中存储数据，以便程序或shell 中运行的脚本能够轻松访问到它们，这也是存储数据的一种简便方法。
一般来说，环境变量分为两种：1）全局变量；2）局部变量。
全局变量 linux 系统在开始bash 会话时就设定了一些全局变量，可以通过env 查看。
另外，还可以查看个别环境变量的值。

$ printenv HOME /Users/mugpeng # 二者都可 $ echo $HOME /Users/mugpeng

局部变量局部变量只能在定义它们的进程中可见。尽管它们是局部的，但是和全局变量一样重要。
除了Linux系统默认的一些标准局部环境变量外，我们也可以定义自己的局部变量，这些变量被称为用户定义局部变量。
linux 还没有专门查看局部变量的指令，但是我们可以通过set 命令，查看所有环境变量，包含全局与局部，以及用户定义的。
设置局部用户定义变量首先要注意，所有的环境变量名均使用大写字母（系统定义全局变量），而自己的局部变量或shell 脚本，要使用小写字母。这样可以避免重新定义系统环境变量造成的灾难。
我们可以自己定义一个变量。需要注意，当变量中有空格时，要把赋值的对象用引号包起来。

$ a_a=a $ echo $a_a a

设置了局部环境变量后，就能在shell 进程的任何地方使用它。但是，如果生成了一个子shell，则在该子shell 下是不可用的了。
设置全局环境变量之前提到过，设定的局部变量只能在当前shell 下使用它。父shell 内的变量无法在子shell 内使用，而子shell 内的变量也无法在父shell 中使用。
我们可以使用export。

$ export a_a $ bash $ echo $a_a a

但是，在子shell 中对同一变量进行的修改，不会被反映到父shell 中，哪怕是使用了export 命令。
删除环境变量使用unset命令。

unset a_a

PATH 环境变量 PATH 环境变量定义了用于用户进行命令和程序查找的目录。
如果命令或者程序不在PATH 变量中，则必须得使用绝对路径才能进行调用。
查看PATH 环境变量 echo 可以用来打印内容

$ echo $PATH

返回结果便是路径
但并不好看，因此我们可以利用管道（传递结果），及tr 操作以及换行符\n，将输出结果修改。

echo $PATH|tr ':' '\n'

打印结果，因为我安装了java 和minicoda，因此还有一些其他的路径。

/root/miniconda3/envs/wes/bin /root/miniconda3/condabin /usr/local/sbin /usr/local/bin /usr/sbin /usr/bin /usr/local/java/jdk1.8.0_251/bin /root/bin

顺便利用管道我们还可以借助环境变量查看一些其他东西。
ls 可以列出当前所有内容，选项l 表示多行输出，h 则可以显示出其详细信息，xargs则是给其他命令传递参数的一个过滤器，在默认设置下相当于echo。
可以列出所有环境下的文件

echo $PATH|tr ':' '\n'|xargs ls -lh

【路径和环境】除此之外，我们也可以查看某个环境下的文件信息

ls -lh /root/miniconda3/bin

绿色的都是可执行文件

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设置PATH 环境变量通常来说，会把. 当前目录也添加到PATH中。
一种有两种方法。
第一种可以直接把新的搜索目录添加到现有PATH 环境变量中，无需从头定义。只要引用原来的PATH值，再给它添加新目录就行了。
下面的export 可以省去。

export PATH="$PATH:环境所在的绝对路径"

该方法相对比较省事，一行代码就可以解决问题。
可是上述的PATH 在连接关闭后就会失效。
第二种第二种方法通过修改/etc/profile 从而改变环境。

vim /etc/profile # 通过vim 编辑器进入文件 export PATH="$PATH:环境所在的绝对路径" # 指定环境,添加到文件末尾 :wq # 保存并退出vim

通过source /etc/profile 激活环境，没有报错就成功啦。
PS1 设置 PS1 是系统终端的命令提示符变量。

echo $PS1 # 查看当前的环境 [\u@\h \W] # 返回的内容

那么这些命令提示符变量分别代表什么含义呢？
这里参考：https://www.cnblogs.com/feiyun126/p/6125608.html

\d ：代表日期，格式为weekday month date，例如：Wed Dec 12 \H ：完整的主机名称。例如：hostname是debian.linux \h ：仅取主机的第一个名字，如上例，则为debian，.linux则被省略 \t ：显示时间为24小时格式，如：HH：MM：SS \T ：显示时间为12小时格式 \A ：显示时间为24小时格式：HH：MM \u ：当前用户的账号名称如：root \v ：BASH的版本信息如:3.2 \w ：完整的工作目录名称。家目录会以 ~代替如显示/etc/default/ \W ：利用basename取得工作目录名称，所以只会列出最后一个目录如上例则只显示default \# ：下达的第几个命令 \$ ：提示字符，如果是root时，提示符为：# ，普通用户则为：$

而我的root@VM_0_3_centos ~ 对应的命令提示符变量为[\u@\h \W]

还可以通过修改PS1 内容，从而修改各种类型提示符的颜色。

通常来说提示符颜色格式为

\[\e[F;
Bm\]

F 表示字体颜色，B表示背景颜色。
比如我设置的就是

PS1="\[\e[35;
1m\]\u \[\e[31;
1m\]\t \[\e[32;
1m\]\w \n\[\e[30;
1m\]$"

可以参考：https://www.jianshu.com/p/0ad354929baf
你可以通过cat >> 或vim 的方式进入 .bashrc 文件。在文件末尾加上即可。
记得结束以后source ~/.bashrc 激活新配置

激活后

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.bashrc 与profile 区别 bashrc和profile都是Shell的启动设置文件，可以初始化环境变量。
但profile是在用户登录后才会运行，而bashrc在系统一启动便会运行。
另一方面，bashrc属于non-login shell，可以在非交互模式下运行，即不通过shell 进行交互（比如你通过ssh 连接输入cd, ls等交互），而是通过读取存放在文件中的命令，并进行执行。直到读取至文件的末尾，shell 才终止。
而profile 则属于交互式的 login shell，与bashrc 相反。
conda 中的环境 conda 是个管理linux 包的好东西。
你可以通过下面这个代码安装

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装软件到服务器目录 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 用bash 运行该脚本 source ~/.bashrc # 激活conda

conda 非常厉害的一点在于，它提供了一个创建环境的功能。
一些非常有用的conda 指令。

conda --version # 查看conda 版本 conda create -n xxx python=2 # 创建xxx 的环境，依赖py2.0 conda info --envs # 查看当前环境 conda info -e # 也可以查看环境 conda env remove -n env_name # 删除某个环境 source active xxx # 激活环境 source deactivate # 退出当前环境 conda remove package_name # 删除某个包 conda create -n new_env_name old_env_name # 直接复制某个环境 conda install package_name # 安装某个包 conda search package_name # 在conda 软件库中搜索某个包 conda update package_name # 更新某个包 conda list # 查看当前环境下安装的内容

调用文件最直接的方式，便是通过文件的路径，一点一点打出，或者通过相对路径打开文件。
简化调用文件的方式 1）通过赋值。
给变量赋值为某个对象

bowtie2=/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/bowtie2 $bowtie2 # 调用变量

2）使用alias。
类似于快捷方式。

alias bowtie2=/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/bowtie2 # 给变量简称 bowtie2 # 调用变量

3）添加环境变量。

export PATH="$PATH:/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/"

这时候，在任意位置都可以使用bowtie2 啦。
但需要注意的是，在环境变量中提过，这种方式在重新连接服务器后会失效。因此我们可以尝试第二种。
这里还提供一种方式。可以修改.bashrc文件。和修改profile 文件一样，在文件的末尾添加指定环境。而至于二者的差异，上文也简单的介绍了。
通过cat 在文件后追加。