PyMOL做出非氢键相互作用图
在上文中，我们尝试模仿绘制文献中的Figure 2a，所选文献为J. Med. Chem. 2016, 59, 4087?4102，本文将尝试绘制Figure 2b，原图如下所示：
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image 本例中使用的PDB code: 3kwf
首先加载大分子：
fetch 3kwf
bg white
接着创建新对象，在视图窗口右下角点击S按钮，顶部将显示蛋白质的序列，箭头所指位置为A链中的配体，其代号为B1Q。
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image
create lig, /3kwf/E/A/1
create residues, (3kwf and (chain A in resi 630+631+659+666))
单独显示我们的研究对象：
hide everything
show sticks, lig
show sticks, residues
set_bond stick_radius, 0.14, residues
然后修改配体颜色，使其按元素显示。
文章图片
image 按住control键，并用鼠标中键选择两个原子，然后松开control，使用鼠标左键选择氨基酸残基。完成后如图所示，残基被保存在
(sele)中，原子被保存在(pkset)中。
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image 接着测量pkset与sele的距离，将距离小于4埃的显示出来：
distance nonbonded, pkset, sele, 4, 0
color magenta, nonbonded
然后在下图区域任意位置单击鼠标左键，将鼠标模式更改为Editing模式：
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image 按住control键，用鼠标左键将虚线上的距离移开。在上方菜单栏中点击Setting -> Edit All，在
dash_radius中输入0.07，按回车键确认。
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image
【PyMOL做出非氢键相互作用图】最后设定好视角，就可以输出了。
set_view (\
0.507353544,0.469124675,0.722847939,\
0.366444945,-0.876655817,0.311746955,\
0.779944181,0.106718525,-0.616688907,\
0.000415023,0.000164665,-94.643707275,\
20.837306976,37.008846283,57.467098236,\
-251.000549316,106.750518799,-20.000000000 )draw 1200,800
png Figure2.png
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image
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