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1、继代培养保存法 。还有斜面培养、刺培养、疱肉培养基培养等 。(后者用于厌氧菌的保存) 。培养后，保存在4-6℃的冰箱中 。
2.液体石蜡覆盖保存法 。是一种变相的继代培养方法，可以适当延长保存时间 。它用灭菌液体石蜡覆盖斜面培养和刺培养，可以防止菌种因培养基水分蒸发而死亡，防止氧气进入，从而减弱代谢 。
【菌种保存最简单有效的方法，菌种保存最简单有效的方法有】3.载体保存方法 。它是将微生物吸附在合适的载体上，如土壤、沙子、硅胶、滤纸等，然后干燥的一种保存方法 。比如广泛使用的砂保存法、滤纸保存法等 。
4.宿主保存方法 。用于目前不能在人工培养基上生长的微生物，如病毒、立克次体、螺旋体等 。，必须在活体动物、昆虫和鸡胚中感染和传代 。这种方法相当于一般微生物的传代培养和保存方法 。病毒微生物也可用其他方法保存，如液氮保存、冻干保存等 。
5.冷冻保存 。可保存在低温冰箱(-20-30℃、-50-80℃)、干冰酒精(约-70℃)和液氮(-196℃)速冻中 。
6.冷冻干燥保存法 。首先将微生物在极低的温度下(约-70℃)快速冷冻，然后通过减压升华除去水分(真空空干燥) 。
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