据媒体梳理发现，健康码赋码规则主要由各省级行政单位制定，而在不同的省份，主管单位并不相同 。例如 ， 北京市“健康宝”主管单位为北京市经济和信息化管理局；江苏省“苏康码”主管单位为江苏省疾病预防控制中心；湖南省健康码主管单位为湖南省卫健委；而辽宁省“辽事通”的主管单位为辽宁省营商环境建设局和省信息中心 。
“2020年初疫情来临时，全国各地亟需数字化企业迅速构建健康码系统，这可视为一段野蛮生长期 。直到如今，尽管有一些管理机制存在，不排除一些企业有机会接触到个人数据 。”陈东平表示，健康码背后涉及上亿人的个人信息，包括详细的流调信息、支付信息、通勤信息等，一旦泄露会影响到国家安全 。这需要相关部门对涉及其中的第三方运营方加以监管 。
一直以来，各地健康码形式并不统一 ， 健康码功能被逐渐扩容，并日益泛化 。在一些地区，健康码还会被整合到当地的就医服务、公共交通，甚至支付方式中 。
11月9日 ， 国家卫健委等部门联合印发的《“十四五”全民健康信息化规划》提到 ， 到2025年，初步建设形成统一权威、互联互通的全民健康信息平台支撑保障体系 ， 基本实现公立医疗卫生机构与全民健康信息平台联通全覆盖 。每个居民拥有一份动态管理的电子健康档案和一个功能完备的电子健康码 。这一消息一时引发热议 。
此后，有接近国家卫健委人士回应媒体称，所谓“电子健康码”并非防疫期间所用的“健康码” 。疫情防控“健康码”主要用于疫情防控，关联新冠疫苗接种、核酸检测信息；“电子健康码”主要用于医疗健康服务，包含识别、结算、服务的功能 ， 关联居民电子健康档案、电子病历等医疗服务信息 ， 已推行多年 。
在陈东平看来，“疫情以来，健康码确实发挥了比较大的作用 。”
“真正属于疫情后采集的数据，主要是核酸检测数据和场所码信息，现在关键是这两类留存的数据接下来怎么办 。”复旦大学国际关系与公共事务学院教授、数字与移动治理实验室主任郑磊接受第一财经采访人员采访时表示 。“随着新十条的落地，类似核酸信息、场所码等数据都应该销毁、封存或者彻底脱敏 。”郑磊解释称 。
陈东平建议，未来可考虑进一步完善隐私保护数据机制，像健康码数据的储存、管理等职责，应交给国家权威部门承担 。但从另一个角度讲，他并不建议对如此庞大的信息数据全面整合，并描绘出具体的画像，这在全球范围内也很少见 。
对个人信息的处理，从国家乃至地方都出台了明确规定 。根据《个人信息保护法》总则第六条：处理个人信息应当具有明确、合理的目的，采取对个人权益影响最小的方式 。收集个人信息，应当限于实现处理目的的最小范围，不得过度收集个人信息 。
国务院联防联控机制综合组在2021年1月印发了《新冠肺炎疫情防控健康码管理与服务暂行办法》，第二十四条明确加强个人隐私保护，为疫情防控、疾病防治收集的个人信息，不得用于其他用途 。
郑磊接受采访时表示 ， 未来健康码首先应回归到出于卫生健康的目的而使用，比如说就医没带医保卡，用健康码刷医保卡、扫码挂号付费等 。健康码未来的应用场景可以朝这个方向推行，并且是非强制性使用，只是给民众提供一个多样选择 。但也有观点认为，随着疫情防控结束，目前使用的健康码，理应退出历史舞台 。健康码对个人信息或隐私的损害，有着诸多不确定性 。
【新冠调整为乙类乙管后，专家：健康码在适当的时候也会退出！】陈东平认为，当大数据被滥用以后，只会导致地方投入更多资金、人力等方面的资源，使得防疫偏离了精准的方向 。应结束某些打着大数据精准防疫的幌子，滥用数据的行为 。
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