首先，朱元璋在沿海地区是众建卫所，广修城池，史载：明太祖“命朱亮祖镇广东，置诸卫，分布要害。洪武三年，曹国公李文忠奏置浙江七卫，是后迭有增置 。十七年，遣信国公汤和巡海 上，筑山东、江南北、浙东西五十九城……二十年，江夏侯周德兴筑福建濒海十六城，增巡检司四十五，置福建沿海五卫 。二十五年，置莱州八总寨，宁海卫五总寨，以备倭。至于墩堡烽堠之增设，岁不绝书” 。
据历史学家陈懋恒先生统计，明初，辽东沿海建有八个卫，山东沿海建有十一个卫，江南北沿海建有九个卫，浙江沿海建有十一个卫，福建沿海建有六个卫，广东沿海建有九个卫，共计有灵山卫、乐安卫、鳌山卫、雄崖卫、定海卫、磐石卫、金乡卫、海门卫、等五十四个卫 。而以《明史》：“大率五千六百人为卫”，一卫有约5600人来计算，保守估计，明初明廷布置在沿海的正规军大概有302400万人 。想想看，沿海地区排除地方武装，关关正规军就有三十余万人镇守，这等防护虽不算是铁桶一般，但也算是严密啦 。
此外，朱元璋不但积极进行沿海地区防御工事的修建，还积极的建造了大量可用于主动出击的战船 。如洪武五年（1372年），朱元璋命“浙江、福建濒海九卫造海舟六百六十艘，以御倭寇”；洪武十七年（1384年），朱元璋命“荥阳侯郑遇春、东川侯胡海督金吾等卫造海舟一百八十艘” 。据保守估计，至洪武十七年，在朱元璋的大力推动下，时沿海各卫所每千户可分得战船十艘 。
与此同时，朱元璋在大造战船的同时，为防止倭寇袭扰沿海地区，借助着充足的战船，朱元璋还积极进行沿海巡防 。当时，因倭寇多在春夏之季袭扰沿海，因此朱元璋就下令沿海各都指挥使司：“每至春则发舟师出海……防御倭夷，迨秋乃还”，每到春天就发战船出海巡防，直到秋天方可返回，以此来主动进攻倭寇，防止其对沿海地区进行袭扰 。
可以说，洪武时期，明代的海防措施是十分严细精密的 。而这种由内到外的海防建设，也的确是起到了非常大的作用，洪武一朝虽也有倭寇之乱，但远远没有明中期那样的猖獗，最多就是小打小闹，甚至有些地区都很少再出现倭寇，如福建的倭寇劫掠就渐趋消弭 。
由此，可以看出，明代倭寇会屡屡犯境，与朱元璋虽有关系，但关系真不大 。首先，倭寇之乱并非是在洪武朝开始有的，早在元代就已然有之，因此并非是朱元璋所引起的 。而朱元璋所实施的海禁，虽然的确让明中后期倭寇的数量是越来越多，但是，说实在的，对于明代而言，朱元璋所实施的海禁政策并没有错，它对于维护明代的统治的确是起到了不可忽视的作用 。再者，对于倭寇的袭扰，朱元璋早已制定出了一系列行之有效的应对措施，比如广置卫所、大造战船等等，因此只要后来的皇帝能够继续遵循，并加以改善，倭寇是绝不会成为明中后期那样的大患的 。
只得说，明中后期的倭寇会成为明廷的大患，这与朱元璋真的没有多大的关系 。明中后期，倭寇会越来越猖獗，屡屡袭扰，甚至是攻克沿海地区的城池，主要原因是因自朱元璋之后，明诸帝施政出现了严重的错误，这才促成了明中后期那样的倭寇大患 。
自明永乐之后，因明朝皇帝逐渐腐朽起来，他们不喜政务，甚至是懈怠政务，致使是宦官乱政，党争四起，整个政治环境是腐败不堪，如此，作为明朝堂上的一员，遍布沿海地区，防御倭寇入侵主要力量，卫所自然也是不能幸免的被腐败的环境所污染 。
因宦官乱政，奸臣当道，明初朱元璋所辛辛苦苦建立起来的一套沿海防御倭寇的举措被破坏的是淋漓尽致，保护沿海地区不被倭寇入侵的卫所，其不但兵源不足，装备更是大多损坏，而作为御倭的主要装备，战船更是早已破烂不堪，别说是置换，连整修都是个问题 。
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