在付出惨痛代价却始终无法占据关中后，左将军韩延等劝说慕容冲东归，但被其所拒，韩延遂于昌平元年（386年）二月利用鲜卑军民思归关东的情绪杀慕容冲，拥立鲜卑贵族段随为燕王 。段随因为不是慕容氏出身，根本无法服众，不久便被左仆射慕容恒、尚书慕容永所杀，前燕宜都王慕容桓之子慕容顗又被立为燕王 。
慕容顗即位之后，慕容永开始率领四十余万鲜卑人离开长安东进，途中西燕仍然持续内斗不止，先是慕容顗被慕容恒之弟慕容韬所杀，慕容恒立慕容冲之子慕容瑶为帝，结果慕容瑶又被慕容永所杀，慕容永又改立慕容泓之子慕容忠为皇帝 。
同年六月，慕容忠也被杀，慕容永遂被推为大将军、大单于、河东王，继续率部东进，并击败了阻拦自己的前秦军队 。慕容永原本打算投靠后燕，但眼见自己壮大，便也有了野心，于是在攻占长子后，便于此称帝，也定国号为燕 。
后燕与西燕皆为前燕宗室所建，且国号相同，于是便产生了法统之争，慕容永原本打算扩张实力后与后燕相争，然而先是在亲征河西时被后秦姚苌所败，后又在攻打洛阳时又被东晋所败，结果西燕只能困守山西一地 。中兴八年（393年）冬，慕容垂在消灭翟钊后开始大举进攻西燕，次年慕容永兵败被杀，西燕灭亡 。
北燕（407年至436年）：后燕分裂而来，被北魏所灭后燕建始元年（407年），冯跋发动政变诛杀慕容熙，拥立慕容云为天王，仍沿用国号“燕”，史称北燕 。不过，慕容云在位仅两年，便于正始三年（409年）被宠臣班离、桃仁所杀，冯跋平定内乱后，被推为天王，改元太平 。冯跋其实也是鲜卑出身，其父曾在西燕慕容永麾下效力 。
后燕被一分为二
冯跋在位期间，继续沿用后燕制度，同时又汲取了后燕败亡教训，对内振顿朝政、肃清吏治、劝课农桑、省徭薄赋，对外则与柔然、契丹、东晋都保持着友好关系，虽然偏安一隅，倒也颇为稳定 。
太平二十二年（430年），冯跋病亡，其弟冯弘杀冯跋之子冯翼，自立为帝，改元大兴 。
大兴二年（431年）六月，北魏太武帝拓跋焘率兵攻打北燕，石城郡、建德郡等十余郡皆被攻克 。冯弘自知南敌，遂多次派遣使者向北魏求和，但因不愿让太子冯王仁为质，始终难以达成，不得已之下冯弘甚至派人联络高句丽，请求归附 。
大兴六年（436年），高句丽派将领葛卢等率兵接应冯弘，冯弘遂率众逃亡高句丽冯弘到了高句丽，却仍然摆着皇帝架子，结果惹怒高句丽，扣押其侍从和太子冯王仁 。之后，北魏太武帝拓跋焘向高句丽索取冯弘，冯弘及其子孙十余人遂被高句丽所杀，北燕彻底灭亡 。
南燕（398年至410年）：后燕分裂而来，被东晋所灭后燕慕容宝在位时，其叔叔慕容德镇守邺城，后燕永康二年（397年）十月，北魏攻破后燕都城中山，后燕被截为南北两部分 。慕容德担心北魏趁势来攻，遂于次年率军民南迁滑台，于此称燕王，史称南燕 。
南燕虽为一国，但其地处北魏与东晋之间，且地没有十城、兵不过数万，国力极为有限 。
前秦被后秦攻灭后，前秦宗室符广率众来降，慕容德于是将其安置在乞活堡 。后符广自称秦王反叛，慕容德于是留鲁阳王慕容和守滑台，自己亲征符广，将其杀死 。
当初慕容宝北上龙城后，曾南下黎阳，但未被慕容德接纳 。当时，慕容和的长史李辩劝慕容和接纳慕容宝，被慕容和拒绝，由于担心当初的计谋泄露，便趁着慕容德在外征战，再度劝慕容和反叛，再度被慕容和拒绝，于是李辩杀慕容和，以滑城投降北魏 。
滑城丢失后，慕容德率军南下，夺取徐州、兖州大片领土，后于隆安四年（400年）在广固南郊正式称帝，改年号为建平 。在慕容德休养生息之时，东晋权臣桓玄意图篡权，大肆诛杀异己，结果冀州刺史刘轨、襄城太守司马休之、征虏将军刘敬宣、广陵相高雅之、江都长张诞等全部转投慕容德 。
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