当故事讲到这里的时候，相信很多观众已经意识到了，这个故事中的四个人与第一个故事中的四个动物是一一对应的 。此刻导演担心观众不能联想到其联系，还让采访Pi的采访人员此时发问以一一对应：水手是斑马、厨子是鬣狗、猩猩是母亲、而Pi自己是老虎 。也许可能你还不能接受第二个残酷的故事，但是导演在讲述第一个故事发生的过程中已经数次暗示我们，第二个故事才是真是发生的：1、大船遇到风暴，当Pi跳上救生船之后，在中国船员用汉语大喊“斑马！斑马！”后，斑马跳进了救生船 。此处暗示中国船员的角色对应 。2、当Pi的母亲想换素的菜品时，厨子表现的极为恶劣戏谑，刚好符合鬣狗穷凶极恶的品性 。3、 猩猩是漂流很久之后才找到救生船并在Pi的帮助下上船，并且只有猩猩是在Pi的帮助下上船 。4、在猩猩被鬣狗咬死之后，老虎才突然出现反扑了鬣狗 。这与第二个故事中Pi的母亲被厨子杀了之后Pi终于忍无可忍杀了厨子的出场顺序一致 。
如此看来，我们知道了第一个故事就是现实的隐喻，它含有两层：一是对真实事件的隐喻，二是经过自己的感悟而升华出对人性思考的隐喻 。这第二层便是电影的核心，也是导演和主人公想要表达的核心 。
先说说PI这个名字 。它代表了无穷数位的无理数 。当他在最后一节数学课上写了整整三个黑板的π值的时候，学生和老师们都在欢呼，每增加一个数字都代表了一个成就，而这就是人类的衡量文明进步的标志 。如他父亲所说，科技带领人类在这几百年取得的成就抵得上信仰于人类文明几千年的成就 。而在这个成就之上，影射的则是人类无穷无尽的欲望，就像π值的无穷尽一样 。与此处对应的隐喻还有Pi小时候听到的那个神话，那个神张开嘴就是整个宇宙 。这个隐喻同样出现在他看到了鲸鱼吃水母，看到了老虎的嘴，看到了幻境里鱼类的相残和张开的血盆大嘴 。
Pi年幼是信仰多种宗教，印度教（家庭背景）、基督教（跟哥哥打赌去教堂里喝圣水，从而和牧师交谈）、 *** 教（被 *** 教的诵经所感染） 。他认为这些宗教是可以兼容的，他认为自己这样就接近了神，了解了神 。其实主人公Pi就是全人类的象征，无论哪种信仰，哪种宗教，作者和导演就是要在这里引起全人类对于信仰的反思 。此处的隐喻是：1、在船上吃饭的时候，母亲因为是素食主义者，想跟厨子换全素的菜品 。厨子先后指着肠和肉汁说：它以前是吃素的，它以前也是吃素的，随后引起了父亲的不满并险与其大打出手 。2、饭桌上一个中国水手前来想要安慰这一家人，解释到：我是信佛的，但是这个肉汁我也吃 。因为在船上，肉汁不算肉，只是调味品 。3、Pi在饿极之后为了一条大鱼与老虎进行了殊死搏斗，全然不顾自己先前素食主义的信条 。4、当Pi找到了那个小岛之后，饿极了的抛开地上的土寻找的植物的根茎满足的吃着 。而老虎上岛之后看见大量狐鼬之后则是一顿猛抓猛吃，奇怪的是其他的狐鼬居然没有逃跑而是直立而视，这场景与Pi吃植物何其相似 。
也许这是对素食主义以及素食主义者的一种讽刺的暗示 。万物皆由造物主所创，动物与植物皆为生物，并无本质区别，所以老虎吃狐鼬就像吃一般 。而此素食主义（或宗教信仰）则是建立在物质条件相对丰富的情况下，如果人在物质匮乏食不果腹境地就会放下束缚，正如在船上佛教徒会吃肉汁，Pi为了吃鱼肉不惜与老虎搏命一样 。
与前面人类欲望无尽的隐喻相联系，则是暗示人类盲目的信仰，却同时做着违背神性的事；有着无穷的欲望，始终无法脱离心中的 ***。正如在饭桌上，爸爸教导Pi的这个桥段：一个人不能同时信仰这么多宗教，如果你什么都信就代表什么都不信 。然后又告诉Pi，希望Pi拥有自己理性的思维，甚至与老爸信的冲突都没关系，只要是出于理性的 。也许观众或许认为影片在批判宗教信仰而宣扬绝对理性，神在危机的时候没有向Pi深处援手，正如在暴风雨来的时候Pi跪地长啸“你带走了我的所有，你还想要什么？！”对神的质疑 。
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