通过多敲键盘linux常用150命令,形成手感 肌肉记忆,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余 。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:
参数的用法介绍:
注意事项:
用 cat 命令可以 查看文本,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加符号 , 退出时,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看
结合管道符|使用
head / tail-n:查看文件的前 / 后 n 行 , 默认10行 (在R语言里head和tail默认是前6行) 。
less命令用得最多 ,more命令用得比较少
3.1less命令
less[参数]文件名
less命令重要的补充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键
less命令重要的补充用法2 :
参数用法:
less命令 不加参数 查看文件:
less命令加 -N参数 查看文件:显示行号
less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整
对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n
3.2more命令
**more **逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。
常见参数:
切记:用less命令,按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前:
排列后:
解释:1和0比,1大linux常用150命令;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小 , 所以100816排在前面 。
命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象 。还有 字典排序 可能和linux常用150命令我们平时的认知不一样 , 所以 加上-n参数,让数值有数学意义上的大小来排序。
uniq命令去重,只有两行出现重复 , 而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样 , 不会去重 。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之,uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1:
pastefile1 file2
-s:按行合并 演示
常见用法2:paste--
常见参数:
要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存 , 文本保存用 (重定向)或是(追加)
1.用less查看example.gtf , 然后管道符传递给wc
2.截取example.gtf第9列的内容
3.在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4.在第3步的基础上排序、去重复并统计
5.在第4步的基础上,将空格替换成制表符
补充小知识 :
清屏 :controlL
查看历史(输入过的)命令 :history
Linux 命令大全Linux运维人员必会的120个命令
来自《跟老男孩学Linux运维:核心系统命令实战》一书
前言
第1章 Linux命令行简介 / 1
1.1Linux命令行概述 / 1
1.2在Linux命令行下查看命令帮助 / 4
1.3Linux shutdown reboot halt / 9
关机:
shutdown -h now
halt
init 0
第2章 文件和目录操作命令 / 13
2.1pwd:显示当前所在的位置 / 13
2.2cd:切换目录 / 16
2.3tree:以树形结构显示目录下的内容 / 18
2.4mkdir:创建目录 / 22
2.5touch:创建空文件或改变文件的时间戳属性 / 27
2.6ls:显示目录下的内容及相关属性信息 / 30
2.7cp:复制文件或目录 / 39
2.8mv:移动或重命名文件 / 42
2.9rm:删除文件或目录 / 45
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