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r语言分析go和kegg r语言 aggregate

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【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题 前面我给大家详细介绍过
?GO简介及GO富集结果解读
?四种GO富集柱形图、气泡图解读
?GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图
?KEGG富集分析—柱形图 ， 气泡图，通路图
?DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
【r语言分析go和kegg r语言 aggregate】?GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候 ， 发现GO条目的名字都重叠在一起了 。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了，简直不忍直视 。经过我的认真研究，发现跟R版本有关 。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图 。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2 。
我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新 。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下 ， 终于发现的症结所在 。
dotplot这个函数，多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原来这个参数默认值是30 ， 当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示 。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示 。
是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道
同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌 。
关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文
GO和KEGG富集分析视频讲解
R语言可视化之ggplot2——KEGG通路富集分析之前分享了如何用ggplot2可视化GO分析的结果 。既然做了GO，当然少不了KEGG了 。
同样的 ， 我们从 DAVID 获取KEGG pathway的结果 。
对于KEGG，我比较喜欢做气泡图，这样用两种形式的图结合在一起，效果更丰富更好看一点 。
R语言GEO数据挖掘：步骤四：富集分析KEGG,GO把之前r语言分析go和kegg的数据设置好之后r语言分析go和kegg，后面的富集分析也是傻瓜式的
R包 clusterProfiler: GO和KEGG富集结果显示基因symbol注：1）MF和CC方法同BP,将BP改为MF,CC即可 。
2）可视化中r语言分析go和kegg，showCategory为显示r语言分析go和kegg的item数r语言分析go和kegg，scale_y_discrete则调节label过长r语言分析go和kegg的情况r语言分析go和kegg，让图片看起来
更美观 。
3)检查结果 ， 可见geneID展示为gene symbol 。
（1）在enrichGO函数中，设置readable = TRUE;
(2)用setReadable函数 ， 对GO或者KEGG结果进行转化即可 。
r语言分析go和kegg的介绍就聊到这里吧，感谢你花时间阅读本站内容，更多关于r语言 aggregate、r语言分析go和kegg的信息别忘了在本站进行查找喔 。

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