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r语言做gokegg r语言做描述性统计( 二 )

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进行GO分析时，需要考虑的一个基础因素就是基因的GO注释信息从何处获取 。Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包，包含了这些物种的GO注释信息
对于以上19个物种，只需要安装对应的org包，clusterProfile就会自动从中获取GO注释信息 ， 我们只需要差异基因的列表就可以了，使用起来非常方便 。
1.1准备输入数据
待分析的数据就是一串基因名称了，可以是ensembl id、entrze id或者symbol id等类型都可以 。把基因名称以一列的形式排开，放在一个文本文件中（例如命名“gene.txt”） 。Excel中查看，就是如下示例这种样式 。
1.3GO富集分析
加载了注释库之后，读取基因列表文件 ， 并使用clusterProfiler的内部函数enrichGO()即可完成GO富集分析 。
读取基因列表文件，并使用clusterProfiler的内部函数enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析 。
此外，clusterProfiler中也额外提供了一系列的可视化方案用于展示本次富集分析结果，具有极大的便利 。
参考：
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