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r语言go富集 r语言go富集分析三个( 二 )

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基因集合功能富集分析，是一个常常被谈起的话题，甚至近期都有不少新方法或算法被提出 。感兴趣的朋友可以去了解 。这份教程，只与大伙说最简单 ， 但也是使用最为广泛的一种富集分析模式 。无论是不是 TBtools 用户 ， 理论上来说，都可以轻松理解并掌握，从原理到实践 。
写到一半，其实我已经不想写了 。原因非常简单 ， 这也是为什么在我之前，并没有一个人写出来 TBtools 类似的工具 。不是写不了，而是不想写 。有时候，随着能力增长和知识积累，往往不再愿意做一些简单的事情 。或许这还涉及到年龄的增长，角色的转变，责任的变化....云云 。
小时候，我以为写 TBtools 玩玩；
后来 ， 我以为我会一直写下去；
现在，，，，， ， 
R语言：clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换 ID转换用到r语言go富集的是 bitr() 函数r语言go富集，bitr()的使用方法r语言go富集：
【r语言go富集 r语言go富集分析三个】 org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型
keytypes() ：keytypes(x)r语言go富集，查看注释包中可以使用的类型
columns() ：类似于keytypes()r语言go富集 ， 针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致
select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函数enrichGO()进行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：
举例：
[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle 查看GOplot内示例数据的格式 ， 对自己的数据做处理
观察结论：
观察自己的两个数据表：
table.legend 设置为T时会显示表格
本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成，没有用R中的拼图包
【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题 前面我给大家详细介绍过
?GO简介及GO富集结果解读
?四种GO富集柱形图、气泡图解读
?GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图
?KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图
?DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
?GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了 。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了 ， 简直不忍直视 。经过我的认真研究，发现跟R版本有关 。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图 。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2 。
我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新 。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在 。
dotplot这个函数，多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的 ， 看看参数说明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原来这个参数默认值是30 ， 当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示 。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数 ， 把他设置成100，让我们的标签可以一行展示 。
是不是还是原来的配方 ， 还是熟悉的味道
同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌 。
关于如何使用R做GO和KEGG富集分析 ， 可参考下文
GO和KEGG富集分析视频讲解
如何用cytoscape做go富集1 如果肯下功夫，可以通过R语言获得基因本体论以及通路富集数据并将其可视化，所用的R包可以是GOSim（GO分析），或者clusterprofiler(GOKEGG)

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