go语言生物信息 生物信息 r语言( 二 )


最后说明一点,仅仅通过这种方法其实并不会很大的缩小范围,但是如果结合你的目的蛋白的功能研究(如果之前有相关文献报道或者你已知目的蛋白具有酶活性)或定位分析,就可以大大缩小范围了 。
希望能对你有所帮助,如果有进一步问题,我们可以继续讨论 。
目前常用生物信息学分析方法有哪些现在比较热门的数据库包括GEO、TCGA
GEO分析主要是芯片做差异分析 , 得到差异基因,差异基因可以做GO、KEGG功能富集分析
TCGA数据库是癌症分析的利器 , 可以做差异基因 , 差异miRNA,差异lncRNA,下载和整理临床数据,做生存分析,高难度的COX分析
这两个数据库可以发到不错的文章
利用EST和生物信息学及细胞分子生物学技术研究某基因的功能,试设计技术路线首先 , EST序列的测序,得到该基因的EST片段
其次 , 生物信息学,用Go或者KEGG,分析该基因的功能分类 , 所在代谢途径等;通过NCBI Blastn,BlastX , tBlastn等比对与该基因同源性较高的基因序列和可能功能;通过ExPASY研究蛋白的特点,二级结构,三级结构等 。
之后,根据已得到的信息,依据可能的功能设计细胞分子生物学实验,
例如,1利用已知序列,通过RACE方法获得该基因的cDNA全序列,通过巢式PCR或者Tail PCR的方法获得全基因组序列及promotor序列
2构建过表达载体,在生物体内过表达该基因,看是否获得可见表性
3构建反义RNA载体,或者RNAi载体,使该基因的表达沉默,看是否获得可见表性
4通过同源重组的方法 , 敲除该基因 , 看是否获得可见表性
5在该基因缺失的突变生物体中,过表达该基因 , 看表性能够得到互补t突变
6在该基因启动子后接上报告基因,观察该基因的表达位置
7在将该基因与报告基因后,进行亚细胞定位
8采用real-time-PCR的方法,观察该基因的表达模式
9采用基因芯片的方法,观察与该基因有关的基因
10采用酵母双杂交的方法,寻找与该基因相互作用的蛋白 。
等等等等
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