锐客网

  1. 首页 > 生活百科 > it技术 > >

go语言生物信息 生物信息 r语言

IT技术工具

16个常用生物信息在线工具韦恩图
工具：Venny2.0
地址：
基因预测
工具：FGENESH
地址： ;group=programssubgroup=gfind
phylogenetic
工具：iTOL
地址：
启动子区预测
工具：Promoter Scan
地址：
蛋白质一级结构分析
工具：PredictProte
地址：
工具：ExPASy-ProtParam tool
地址：
信号肽
工具：SignalP
地址：
跨膜结构域
工具：TMHMM Server v. 2.0
地址：
蛋白质亚细胞定位
工具：PSORT II Prediction
地址：
蛋白质三级结构预测
工具：SWISS-MODEL
地址：
短序列拼接
工具：Cap3
地址：
多序列比对相似性展示
工具：SimiTriX-SimiTetra
地址：
绘制GO注释结果
工具：WEGO （Web Gene Ontology Annotation Plotting）
地址：
蛋白质domain
工具：Pfam database
地址：
【go语言生物信息 生物信息 r语言】基因组杂合性评估
工具：GenomeScope （Estimate genome heterozygosity, repeat content, and size from sequencing reads using a kmer-based statistical approach）
地址：
circos****图
工具：CIRCOS （可以用来画基因组数据go语言生物信息的环状图，也可以用来绘制其它数据go语言生物信息的相关环状图 。）
地址：
生物信息学常用的软件有哪些？NCBI()-GenBank数据库
数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较（BLASTN）
蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较（BLASTP）
两序列比对（Align two sequences）
DNA序列分析——ORF Finder()
分析实验序列外显子部分——GENSCAN（）
分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0()
注： Custom digest -- view gel
限制性内切酶数据库——REBASE()
设计引物扩增实验序列——Genefisher
Primer 3
蛋白质序列分析及结构预测：
1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass）[* ：kinase K]
5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）
6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred 3）
多物种分子系统发育分析：EMBL（)--Toolbox--Clustal2W
人脂联素蛋白质序列：NP_004788
人类胰岛素生长因子IB前体：P05019
如何看go数据库中查出来的pathway，是否与肿瘤相关我对这个也不算非常了解，简单说下我的经验，仅供参考 。
首先其实有很多pathway都与肿瘤相关，一般来说与肿瘤发生相关的pathway包括细胞信号转导（akt，notch，MAPK等）、细胞损伤修复（ATM，NHEJ等）、细胞周期调控（Cdk）、基因表达调控（如 p53）以及细胞迁移等，而且它们之间一般都有交叉 。虽然大多数pathway都或多或少参与肿瘤发生，但是直接相关的一般是我提到的这些，主要作用于cancer的发生，成熟以及迁移 。
其次，通过你这个图上列出来的这个肿瘤基因有可能参与的过程，我觉得有可能参与肿瘤发生的包括：regulation of cell morphogenesis（因为肿瘤细胞形成中细胞形态会发生变化）；regulation of gene expression（比如p53就会抑制与cancer发生相关基因的表达，但这个功能实在太宽泛了，可以说所有细胞活动都和基因表达相关，请问你这个基因是transcript factor吗？如果是的话这就很可能是它直接参与cancer development的原因）；positive regulation of peptidase activity （和前面那点一样 ， 这种广谱性影响蛋白质变化的过程可以参与任何方面）；response to corticosteroid （有可能通过response to一些皮质类激素调节cell signal）；positive regulation of macromolecule biosynthetic process（调节大分子生物合成也可能影响蛋白质表达）；anatomical structure formation involved in morphogenesis （同在morphogenesis的解释） 。

推荐阅读


上一篇：用css样式制作div，css样式优先级

下一篇：快手可以在电脑上直播吗，快手可以使用电脑直播吗