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r语言绘制柱go图，r语言ggplot2柱状图

IT技术玩家

【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了 。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视 。经过我的认真研究，发现跟R版本有关 。
GO富集的根本问题在于一个基因对应的GO term有多个，一个term对应多个gene，同时还有层级关系 。这样导致如果一个term显著富集，那和它共享很多基因的term也会显著富集 。
其中2个与生长素信号转导相关，而另外8个则没注释到生长素信号转导相关，简单画一下，即 好，剩下的两个就不替换了 。整体上，ORA模式的富集分析，本身就是经典的抽球案例，感兴趣的自行替换就可以了 。
单细胞富集分析我最常用的是 分组GSVA  ， 但最近用到了GO分析 ， 就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图 。载入无比熟悉的pbmc.3k数据集 (已注释好 ， 数据准备见 monocle )pbmc3k数据集只有1个样本，没办法区分HC和病例组 。
r语言画柱状图选择超过多少的柱变黑色颜色名称表示法 R语言中的颜色表示方式主要有两种，一种是用颜色的名称表示，例如：blue、red、orange等等，要知道R语言中颜色名称可以使用colors()方法得到 。
操作完成后就会发现柱状图已经画出来了 。这里默认的柱状图颜色是红色 。在对话框的【Pattern】里面有“Color”选项，在里面找到合适的颜色点击确定即可，比如这里选择“12 Olive”即可改变颜色 。
首先插入一个柱形图，图中每个柱子的颜色都是相同的 。然后选中其中一个柱子，右击选择设置数据点格式 。弹出一个对话框，点击填充，选择纯色填充，再选择一个适宜的颜色 ， 关闭对话框 。
本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包 。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等 。
已经画好了这个柱状图，但是感觉图例颜色不好看 ， 想更换其颜色 。然后双击该柱子，edit mode中选择independent 。然后进入新的界面，在color中可以看到偶很多种颜色分类 ， 可以选择自己喜欢了 ， 这里选择blue 。
R语言ggplot2去掉图形和坐标轴间隙离散轴可以去掉这个留白 。ggplot2在绘图的时候，会在数据的边界部分进行留余操作（baseplot也会这么做） ， 这样使得数据不会落到坐标轴的边界甚至超出边界，这类问题其实都需要修改ggplot2的标尺，即以scales_开头的函数 。
r中删除图形坐标值方法如下：双击纵坐标的坐标轴 ， 在弹出的对话框中选择Title和Format，将Major主刻度和Minor次刻度都设置为None去掉坐标值 。选择对话框的MinorTickLabels取消对话框中ShowMajorLabel对勾 。
可以通过手动设置坐标轴的边界值的方法还实现，步骤如下：右击要设置的坐标轴，选择【设置坐标轴格式】在【坐标轴选项】设置区找到【边界】 。根据实际要求分别设置【最小值】【最大值】即可 。
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安装Graphpad prism9 (1) 双击InstallPrism0.msi，选择软件安装目录安装软件 (2) 将Crack文件夹中prism.exe复制到prism9安装位置的文件夹中 ， 覆盖先前文件 。(3) 打开Prism9 。
【r语言绘制柱go图，r语言ggplot2柱状图】折线图 折线图最为统计图中很常见的一类图，它的特点是可以显示随时间而变化的连续数据 ， 因此每个数据点都有一个相应的X轴值和Y轴值，所以我们在用graphpad做折线图时在数据表类型的选择上一般选XY图（XY graphs） 。

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