锐客网

  1. 首页 > 睿知 > >

chip数据分析,数据分析的重要性和意义

经验分享睿知

如何解读chip-seq数据随着学科的发展，目前很多研究都涉及高通量数据分析(高通量数据分析) 。ChIP-Seq数据挖掘系列-5.2:ngs.plot绘图工具ngs.plot.r和replot...程序自变量101 ChIPSeq数据挖掘系列文章内容:ChIPSeq数据挖掘系列1:模体分析(1)HOMER installation ChipSEQ数据挖掘系列2:模体分析(HOMERMotif分析的基本步骤ChIPSeq数据挖掘系列3:模体分析(3)利用ChipSEQ数据挖掘系列4:liftOver基因组坐标在不同基因组注释版本之间的转换ChIPSeq数据挖掘系列5.1:ngs.plot可视化ChIPSeq数据挖掘系列5.2:ngs.plot绘图工具ngs.plot.r和replo 。

1、我的ChIP-Seq(1【chip数据分析,数据分析的重要性和意义】新手 ， 刚完成一个ChIPSeq项目的分析 。我们来记录一下 。它将被分成几篇文章 。首先，在非车载数据fastqc之后将生成一个html报告 。根据报告可以看到自己数据的特点，方便设置clean的参数 。以下是对fastcc(v 0 . 11 . 5)报告内容的描述(以我们自己的数据为例，公司粗过滤后的离线数据) 。有人在网上找了也有人有自己的经验:基础信息基础素质 ， 弗雷德值10 * log 10(p)；p是基本错误检测的概率 。如果质量为20，概率为0.01 ， 一般集中在3040 。如图所示，横轴代表位置，纵轴代表质量 。

2、ChIP-seq需知问题及展望看微信官方账号的推文 。深入染色质免疫沉淀测序(ChIPseq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术 。随着测序成本的降低，ChIPseq已经成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具 。在本文中 ， 我们对前面的内容进行了总结，分析了现阶段需要注意的问题以及如何更好地利用这一技术来取得研究成果 。

在DNA上停留时间小于5秒的蛋白质不能被蛋白质交联 。此外，甲醛还会导致很多其他不相关的蛋白质交联到DNA上 ， 影响后续的分析数据 。有报道称，甲醛交联会引发DNA损伤反应机制，从而改变染色质组成，进而使芯片结果出现偏差 。因为在加热和低PH下交联反应会发生逆转，所以DNA与蛋白质交联复合物的稳定性也是一个值得关注的问题 。

3、如何通过CHIP-seq分析鉴别基因启动子和增强子 1 。表观遗传组蛋白修饰染色体核小体由两个组蛋白八聚体组成，组蛋白八聚体由两个H2A、两个H2B、两个H3和两个H4组成，周围包裹着147bp的DNA 。组蛋白有很多修饰，包括乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化、ADP核糖基化等，都会影响基因的转录活性 。组蛋白H3是修饰最多的组蛋白 。组蛋白甲基化和乙酰化主要发生在它们的N端尾部，可以影响基因转录 。

    推荐阅读


    上一篇：通达信证分析软件,缠论通达信股票分析软件

    下一篇：超市管理信息系统分析