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外显子分析软件

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这里引用一个兄弟的帖子，我自己也做了一些笔记 。图中我和S都是外显子，外显子包含我的名字，差分拼接分析软件rMATS结果文件解读(v4.1.2第一次差分拼接分析)，RM ATS做完后，我不知所措 ， 我查阅了资料 ， 整理了结果文件，RMATS是a 软 。

1、如何设计条件性基因敲除小鼠模型小鼠和大鼠是生命科学实验室的明星，成功的小鼠和大鼠模型是生命科学的好帮手 。很多人可能想自己设计或者了解条件基因敲除小鼠 。这里有一个总结供你参考 。Cre/LoxP或Flipe/Frt的原理用于条件性基因敲除小鼠的设计 。它们都是位点特异性重组酶系统 。以Cre/LoxP系统为例 。例如，将loxP序列置于待敲除的靶DNA序列的两端，得到flox(flankedbyloxP)小鼠 。

此外，如果与其他控制Cre表达的诱导系统(如CreERT2)结合，还可以在时间和空间上调控一个基因 。Cre/loxP系统来源于噬菌体，可介导位点特异性DNA重组 。该系统由两部分组成:一部分是34bp的DNA序列(LoxP序列) ， 包含两个13bp的反向重复序列和一个8bp的核心序列 。LoxP的方向由中间的八个碱基决定 。

2、Dapars2 分析可变多聚腺苷酸化(APA3’UTR我变懒了，不想写记录了！算了，逼自己！水平有限 。如有错误 ， 请指出！RNA(messengerRNA，mRNA)加工的精细调控对基因表达有重要影响，是产生基因功能多样性的重要机制 。在前体mRNA成熟过程中，细微的环境变化可导致mRNA不同剪接位点的选择性剪接和多聚腺苷酸化，称为alernativepolyadenylation，

【外显子分析软件】交替聚腺苷酸化(APA)是真核细胞mRNA成熟过程中针对前体mRNA 3’端的加工修饰方法，是一种重要的转录后调控机制 。近年来，APA作为调控基因表达的一种重要方式越来越受到重视 。APA现象广泛存在于真核生物中 。大部分关于多聚腺苷酸真核基因的文章，只是记录了自己的学习和使用 。请指出任何错误，我会立即改正 。在比较比较工具时，通常分为DNA比较工具(DNAseq)和RNA比较工具(RNAseq) 。两者的区别在于是否会考虑跨外显子的比较，即是否会将未对齐的读操作拆分，并将拆分后的两部分再次进行比较) 。随着各种seq测序的出现，我们不能简单的通过对比DNA或者RNA来判断 。

(PROseq/GROseq，虽然他们在建库的时候捕获了RNA，但是他们的比对不需要考虑穿越外显子 。通用工具:DNAseq:BWA；；bowtie

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