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如何分析geo数据库gff文件

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如何在geo 数据库中找到自己想要的东西，GEO 数据库到底是个什么鬼？如何在geo 数据库中找到对应的第1条？首先登录GEO 数据库首页(homegeocbi (NIH 。gov)) ， 然后在搜索框中输入GSE70493进行数据检索，检索结果如下:2。

1、利用GEO2R进行表达基因差异 分析GEO2R作为GEO的在线工具，可以用来表达基因差异分析 。如前所述，地理数据包括五种类型:平台、样本、系列、数据集和概况 。GEO2R主要用于系列数据分析，但并不是所有这些数据都可以使用GEO2R在线工具，比如一些测序数据 。此时“AnalyzewithGEO2R”按钮变为灰色，无法使用 。

根据摘要选择要查询的结果 。然后使用GEO2R在线工具 。接下来，定义组并点击“定义组”，如“CT45A1”和“控制”，选择相应的项目，然后点击定义的组 。然后进行到分析，分析，结果如下 。结果按p值从小到大排序 。您可以直接选择并保存TXT或EXL格式的结果 ， 或点击“下载完整”保存所有结果以供后续分析 。
【如何分析geo数据库gff文件】
2、基因芯片数据 分析-1:使用GEOquery包从GEO获取数据GEOquery软件包使用指南GEO(NCBI基因表达综合库)是NCBI用于存储高通量测序的专用库 。例如基于芯片的数据(mRNA、DNA、蛋白质丰度)、蛋白质质谱数据和高通量测序数据 。地理数据有四种基本类型 。样本、平台和系列数据由作者上传，数据集由GEO官员根据制作和提交的数据编制 。

芯片的组成信息，如CDNAS、寡核苷酸探针、ORFS、抗体 。或其他定量检测平台信息 ， 如SAGEtags、肽 。##1.2SamplesGEO编号:GSMxxx描述单个样品的信息、处理步骤、处理条件和实验结果 。一个样本可能属于多个系列 。

3、 geo 数据库里的高表达低表达准确吗很准确 。这和GEO2R的使用目标有关 。GEO2R只适用于表情谱芯片分析 。然而，地理数据不仅仅包括表达谱芯片数据 。还包括一些二代测序数据 。二代的数据不可能这么简单分析，这也是为什么我们第一次引入GEO的时候，说常规的易上手数据分析 type还是表达式谱数据 。一般我们在GEO中搜索结果的时候 ， 如果能用GEO2R 分析，就会显示出来 。

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