锐客网

  1. 首页 > 睿知 > >

基因富集分析数据,基因GO富集分析柱状图解读

经验分享

单细胞转录组基础分析7:Difference-1富集-2/本文是学习单细胞转录组基础的参考分析7:Difference 。如何理解基因富集分析和富集金属氧化物在日常生活中应用广泛，RNA-Seq(9富集-2/最广为人知的方法是上下分离或合并基因并作为GO和Kegg富集-2/ 。

1、RNA-Seq(9最知名的富集 分析做法是上下分离或合并基因并作为GO和Kegg富集-2 。经常有一些数据套，差基因得不到结果，因为富集得不到任何访问是正常的 。试试GSEA，不取差基因，取全基因，作为输入 。GSEA和围棋的区别，KEGG 分析:围棋，KEGG 分析更多的是依赖于基因的区别 ， 其实是基因( 。而GSEA发现基因集与整个基因的表达式矩阵有一致的差异，因此可以考虑基因GO和KEGG 富集这两个定性的 。

2、GEO 数据挖掘小尝试:(三Install clusterProfiler:对于未转换的geneID，cluster profiler还提供了bitr方法来转换ID:可以看到，这里转换后的ID对应的文件来自于包org.Hs.eg.db .启动前富集-2/，先看看GO和Kegg富集分析:Import/12344这里需要用到的只是entrezID列和最后一列(logFC):由于Cluster Profiler富集分析推荐的输入文件是EntrezID，所以这里提取EntrezID 。接下来可以进行富集分析:KEGG path富集函数用法类似GO 富集 分析方法:我们将继续使用上面的 。-2/:cluster profiler中的GSEA函数用于GSEA 富集 分析，并与超几何分布富集(enricher函数)的结果进行比较 。enricher函数的用法与GSEA函数基本相同 。

3、用topGO进行GO 富集 分析topGO是半自动GO 富集包 。这个软件包的主要优点是它集中了几种统计测试方法 。目前支持的统计方式如下:BiocManager::install(topGO )要求R版本> 2.10，但bioc manager::Install( topGO)要求的R版本更高，现在应该是3.6 。富集工作主要包括三个步骤:1 。准备相关数据；2.对富集进行统计检验；3.分析结果 。

需要的数据文档包括所有的基因id(背景基因名称，一般是所有研究的物种基因)，需要genetoGO富集-2/ 。物种的所有基因ID和differences 基因ID都比较容易获得 ， 但是genetoGO文件比较困难 。

4、怎么 分析关注的功能 基因集在转录组结果中表现如何?【基因富集分析数据,基因GO富集分析柱状图解读】获得转录集数据后，很多人最关心的大概就是差异基因富集分析，说明样本差异是 。但是有的时候，我们在设计实验的时候 ， 已经特别注意到了某些函数的基因 set 。那么分析这些基因套在实验中不同的比较组之间是如何表现的呢？今天推荐一个相关的方法分析 。基因Set富集分析(GSEA)GSEA(geneset enrichment Analysis)是由麻省理工学院布罗德研究所和哈佛大学的研究团队开发的表达式基因 。

    推荐阅读


    上一篇：外表美丽却有毒的十大动物 火蝾螈上榜,第一咬一口就能致命

    下一篇：日志分析平台需求分析