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基因家族分析软件,基因共线性分析软件

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因此，在基因家族分析中，可以通过删除错误的抄本来提高分析的准确性 。【对比基因组织学】基因 家族扩张与收缩分析前言:由于最近连续进行了基因几个物种的群体项目，这也是基因家族分析Do根据基因家族分析，有时可能需要删除 。

1、OrthoFinder寻找同源 基因并建树(1 1 。安装和使用OrthoFinder之前 ， 请记得查看帮助文档:2 。OrthoFinder需要一个蛋白质编码的Fasta(fa)文件作为输入，所以首先我们准备好要比较的物种的蛋白质序列(至少两个)并保存在一个文件夹中 。我这里有9个需要比较的物种fa文件:1 。典型用法:其中:f指定蛋白质序列所在的文件夹(这里我的文件夹命名为orthofinder) 。这个命令只需要指定输入文件夹，其余都是默认参数 。

2、怎么从NCBI上查某个 基因序列?1 。打开NCBI百度搜索，输入“NCBI” ， 点击“搜索” 。第一个是官方主页，点击打开 。2.关键词搜索以H9亚型流感病毒HA 基因的下载为例说明详细流程 。由于要下载序列基因，需要在列中找到“核苷酸” ， 在搜索列中填写“AvianinfluenzavirusH9HA” ， 点击“搜索” 。3.添加限定词后点击搜索 ， 我们看到页面中间有很多关于“AvianinfluenzavirusH9HA”的基因 sequences 。如果其中一个符合你的要求，你可以下载 。

3.序列选择找到目标后基因序列，我们就下载 。以第一个序列为例 ， 点击序列前面的“小方块”将其选中 。4.选择下载序列后 ， 点击页面右上角的“Sendto” ， 选择“file”，然后选择格式为“FASTA”格式，点击“Createfile”将序列下载到自定义文件夹中 。

3、急求: 基因预测的方法和步骤?【基因家族分析软件,基因共线性分析软件】方法一:最长ORF法将每条链翻译成6个阅读框 ， 然后找出所有可能的不间断开放阅读框(ORF) 。只要找到序列中最长的ORF，基因就可以相当准确的预测出来 。最长ORF法寻找基因的一般过程(包括基因区域预测和基因功能预测):第一步:获取DNA靶序列①如果有靶序列，可以直接进入第二步；②可以通过PubMed找到感兴趣的资料，通过GenBank或EMBL等数据库找到目标序列 。

4、如何使用 基因注释 软件dogma 基因组注释系统是MGAP的核心，它集成了许多常用的基因识别和蛋白质功能预测软件，包括GeneMarks、IPRsearch、BLASTPGP和FASTA3 ， 以及几个数据库 。比如非冗余的，NR蛋白质序列数据库(NR) ， 三维空间结构已知的蛋白质序列数据库(PDBSeq)和国际蛋白质资源信息系统(InterPro)最近遇到一个需求，要我构建某个基因-2/的进化树 ， 并按照进化关系分类 。这让我想起上节课一位进化论老师给我们讲的话 。如果不仅仅是关于进化的方向，MEGA就足够了 。由于windows的内存有限 ， 做几十个基因，还是可以的，但是做几百个基因，就有些吃不消了，于是想到了用Linux下的MEGA来做 。因为它是二进制文件，所以可以通过直接提取它并将其添加到环境变量中来使用它 。

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