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聚类热图关联分析,差异表达基因聚类热图分析

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聚类你怎么看家谱图？R 聚类 热图-数据标准化最近一直在研究转录组分析，画差异表达基因的时候遇到了坑热图？热图 聚类位置不好？聚类 分析中的均质化是如何计算的？根据热图 聚类的结果，输入数据是一个表达矩阵和行为基因 ， 列为样本，用随机数四舍五入 。如下图，图1是我的，图2是别人的 。

1、 热图 聚类位置不如意?你动手调啊...如上图所示，左右实际上是一组数据图像，基因之间的聚类关系完全相同 ， 只是显示位置不同 。这个功能，其实我早就间接体会到了 。这个操作的实现其实是一件比较麻烦的事情 。这几天看到一些疑问，猜想，或者同一个人换了不同的QQ号 。我还得提交毕业论文 。你赶时间吗？我个人比较有信心 ， 目前的热图画图工具根本没有一个支持这个操作 。

反正因为操作看起来有点繁琐，所以决定直接写一篇推文，主要分两部分:首先要有热图然后要有聚类的关系 。这个时候你要把鼠标移动到空白处，点击右键，其实前面也提到了，就是这个和程序的执行有关 。我们都知道，重新定位其实是一个比较不常见的要求，尤其是出现在热图的图纸中 。据我所知，没有热图画图工具支持这种调整(当然，很可能是因为我用的软件太少) 。

2、 聚类谱系图怎么看 3、R 聚类 热图-数据的标准化最近在研究转录组分析，在画差异表达基因的时候遇到了坑热图？我发现和制作的热图和别人不一样 。如下图，图1是我的，图2是别人的 。怎么解决？直接取对数？如果看一下表达式log10，我们发现10000变成了4，10变成了1，这样之前分散程度大的数据就集中了 。聚类 分析中的均质化是如何计算的？表达式矩阵中每一行数据的每个数值减去每一行数据的平均值，然后除以每一行数据的标准差 。
4、按照 热图 聚类结果来给样本分组【聚类热图关联分析,差异表达基因聚类热图分析】输入数据是一个表情矩阵和一个行为基因，列为样本，用随机数四舍五入 。常规热图很简单 ， 我们可以知道样本在图上的排列顺序 ， 但不知道每个聚类中有多少个样本，对应哪些样本，把三个聚类做的更清楚，加上cutree_cols参数，在热图上会有一个缺口，会把样本分成指定数量的组 。我还是不知道三组样本的信息是怎么得到的，我以为会在p2$tree_col$order中指明，但是没有 。

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