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测序fq文件分析,测序结果ab1文件怎么分析

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二 。信息分析流量1，yield statistics 测序的原始序列数据将获得的原始图像数据转换为序列数据，我们称之为rawdata或rawreads，结果以fastq 文件的格式存储，Fastq 文件是用户获得的最原始的文 。
【测序fq文件分析,测序结果ab1文件怎么分析】
1、二代下机 文件在IntegrativeGenomicsViewer中实现reads可视化的流程...完成STR 测序的打靶后 ， 如何确定目的片段是否扩增，是否真的是测序？可以用IGV实现测序off board文件的可视化来验证一下 。运行环境:macOS12工具:conda，bwa ， Samtools ， IGVSoftware 文件:参考序列fa ， offline文件fq操作流程:1 。索引参考序列:tool bwa ， 语句:bwaindexxxx.fa例:索引21号染色体的参考序列:语句:bwaindexchr21.fa完成这条语句后，生成了5个索引文件: chr21.fa.bwt，chr21.fa.amb，chr21.fa.ann，chr21 。

2、RNA-seq中的常见问题汇总参考链接:这是一个非常好的问题 。我的回答是:RNASeq不能代替WES完成外显子的突变检测，原因如下:(1)转录本不全是外显子 。由于基因可以通过可变剪切剪切出不同的转录本，实现了多能性 。然后，不包含在转录本中的外显子丢失；(2)转录本数据的基因覆盖极不均匀 。不同基因的表达水平不一样 ， 有的很高，有的甚至没有 。在进行突变检测时，这种不均匀性会极大地影响突变结果的有效检测 。

如果这个时候还想获得更多的变异，那最后就要花更多的钱来增加测序深度；(3)目前转录本数据的变异检测还是一个补充分析 。RNASeq的目的主要是关注基因表达，寻找差异表达基因和融合基因 。对于突变检测来说，这种数据当然是可以发现的，但是假阴性肯定是很高的，比如低表达的基因，甚至是在这个组织(或者样本)中不表达的基因，所以你无法有效的检测出它的基因组变异 。

3、kegg 分析是全部差异表达基因还是上调基因基因注释和差异表达基因方法1 。实验过程中提取样品总RNA后，用磁珠富集真核mRNA，磁珠上带Oligo(dT)(如果是原核生物，用试剂盒去除rRNA后进入下一步) 。加入fragmentationbuffer将mRNA断裂成短片段，以mRNA为模板 ， 用六碱基随机六聚体合成第一条cDNA链，再加入buffer、dNTPs、RNaseH和DNApolymeraseI合成第二条cDNA链 。经QiaQuickPCR试剂盒纯化 ， EB缓冲液洗脱后，进行末端修复，加入A并连接测序接头，然后琼脂糖凝胶电泳选择片段大?。?最后进行PCR扩增 。构建的测序库是用IlluminaHiSeq？

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