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arrayexpress 数据分析

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如何在arrayexpress 1上传数据？注册一个ArrayExpress账号并登录，点击右上角的“上传”按钮 。深入研究乳腺癌亚型的免疫差异一种由抑制性肿瘤免疫微环境定义的非依赖性贫认知亚型乳腺癌一种由独特的肿瘤免疫微环境定义的独立贫血亚型乳腺癌发表日期:NatCommun，019Dec3影响因素:12.121 DOI:10.1038/s 33295一、研究背景肿瘤微环境影响肿瘤的起始和进展 。

1、熟悉的肿瘤免疫微环境分析,深入探究乳腺癌亚型的免疫差异一种由adisting肿瘤免疫微环境定义的乳腺癌的非依赖性贫血症亚型，一种由独特的肿瘤免疫微环境定义的独立贫血亚型乳腺癌 。发表:NatCommun日期:2019Dec3影响因子:12 .121doi: 10.1038/s一、研究背景肿瘤微环境影响癌症的起始和进展 。
【arrayexpress 数据分析】
五种临床相关的分子亚型:lumina、LuminalB、Her2富集、基底样和正常样，具有不同的发病率、生存率、预后和肿瘤生物学特征 。除了癌细胞的生物学因素外 ， 炎症微环境也影响肿瘤的发生和进展 。癌细胞周围的免疫微环境可以识别和抑制肿瘤生长或促进进展 。在乳腺癌中，高免疫浸润与更好的临床结果相关 。此外，高免疫浸润与对新辅助和辅助化疗的反应增加相关 。

2、全基因组测序 数据分析--导了解遗传变异，如单核苷酸多态性(SNP)、小插入缺失(InDels)、多核苷酸多态性(MNP)、拷贝数变异(CNV)，有助于揭示基因型与表型的关系 。目前，高通量全基因组测序(WGS)和全外显子测序(WES)被广泛用于研究DNA序列变异对人类多样性的影响，识别与人类复杂性或孟德尔病相关的遗传变异，揭示不同人群的变异 。

WES的成本可能低于WGS，因为它只覆盖蛋白质编码区，产生的原始数据较少，但WGS提供了更全面的基因组景观 ， 同时考虑了非编码和编码基因组区 。它还允许识别韦斯可能已经错过的SV和CNV 。此外，WGS允许更统一和可靠的覆盖 。总之，WGS是一个比韦斯更普遍的方法 。本教程将指导您完成Genestack上基因突变发现的工作流程 。

3、基因芯片 数据分析与处理的目录第一章概述1分子生物学技术简介及基因和基因组科学的发展历史1第二节基因芯片技术简介3一、基因芯片技术的基本概念4二 。基因芯片技术的产生与发展 。基因芯片的应用领域 。基因芯片的生物信息学和数据挖掘 。基因芯片的数据挖掘8参考文献9第二章微阵列基因芯片实验技术11第一节基因芯片的价值与分类11一、基因芯片的价值11二 。基因芯片的分类12第二节底物的制备15一、底物的类型和性质15二 。玻璃基底表面的修饰方法17第三节样探针18的制备I . cDNA探针19的制备II 。基因组DNA探针19 III 。寡核苷酸探针19 IV 。唯一PM
4、如何在 arrayexpress上上传数据1 。注册一个ArrayExpress账号并登录，点击右上角的“上传”按钮，2.选择要上传的数据类型，然后根据提示页面的提示填写相关信息 。3.上传您的数据，或上传支持文件，如注释文件和元数据文件 ， 4.按照提示完成上传 ， 并最终提交您的数据集 。

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