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蛋白质家族分析,常见蛋白质家族

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所有的序列数据已经整理完毕，99%以上的序列已经被蛋白质 家族分类，超过一半的序列已经被蛋白质-1/分类 。基因组信息学中蛋白质的功能预测得到一个新的蛋白质序列后，需要解决一些问题:这个蛋白质是否属于一个功能已知的蛋白质家族？有时，三维结构相似的蛋白质序列相似度低 ， 但功能上属于同一蛋白质Super家族的 。
1、G0期细胞的重新增殖【Gβ类似蛋白-WDR26对细胞增殖的影响】摘要:WD40重复序列蛋白是一类结构保守、功能复杂的蛋白质 。对这些蛋白质和细胞内信号转导通路的研究表明 ， 这个家族 member可能通过调节细胞内信号转导来影响细胞的基本生命活动 。在之前的研究中，我们报道了一个新基因WD40repeatprotein26的克隆 。初步结果表明WDR26蛋白与MAPK信号通路的负调控有关 。在最近的研究中，我们构建了稳定转染pCMV-WDR26表达载体的HeLa细胞系 。结果表明 ， WDR26蛋白在HeLa细胞系中的过表达可以促进细胞分裂，加速细胞增殖 。
关键词:WDR26蛋白；MAPK信号通路；在细胞增殖中，中国图书馆分类号:Q753文献识别码:A文号:10077847 (2006) 02-0123-05WD40重复序列蛋白(WDR) 家族广泛存在于真核生物中 ， 其中G蛋白的β亚基(Cβ)研究最为深入 。这类蛋白的特征是4 ~ 16个保守的WD重复序列as 家族 。
2、 蛋白质如果相似,那么什么相似?空间结构吗?不，应该是氨基酸的相似性 。有很多种可能，只有在你要回答的问题中才能知道，要从结构和功能上考虑 。首先 ， 蛋白质相似度是一个非常笼统的概念 。如果有两个蛋白质相似和相同，一般可以考虑以下几个方面 。最根本的是氨基酸序列相似，取决于氨基酸的保守性 。一般的序列比较程序都可以对序列比较打分 ， 也就是给你同一性的分数 。分数越高，一级序列的相似性越好 。
3、常用的查询 蛋白质结构以及序列的数据库主要有哪些? 蛋白质结构化数据库，一般是PDB，还有其他衍生数据库 ， 比如DSSP，HSSP等等 。如果你想在序列结构上有所作为，你也可以在NCBI和EMBL有所作为 。不过建议在PDB查看，下载文件，用一些常用的软件查看，可以看到一级和二级的高级结构或者模拟结构 。1.PIR和PSDPIR国际蛋白质序列数据库(PSD)由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列组成 。
【蛋白质家族分析,常见蛋白质家族】所有的序列数据已经整理完毕，99%以上的序列已经被蛋白质 家族分类，超过一半的序列已经被蛋白质-1/分类 。PSD的注释还包括对许多序列、结构、基因组和文献数据库的交叉引用，以及数据库中内部项目之间的索引 。这些内部索引帮助用户在包括复合物、酶-底物相互作用、激活和调节级联和具有共同特征的项目中容易地搜索 。

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