锐客网

  1. 首页 > 睿知 > >

genedoc对比结果分析

经验分享睿知

基于距离的方法包括UPGMA、ME(最小进化)和NJ(邻居连接) 。基于距离的方法包括UPGMA、ME(最小进化)和NJ(邻居连接) 。
1、怎样找到菌的相似序列,怎样做细菌系统发育树?一般在NCBI网站上通过BLAST搜索找到相似的序列就够了，你提交的序列应该是Fasta格式:> nameaattccggaattccgg关于系统发育树的构建:ClustalX建议构建NJ或MP树，MEGA就够了 。非常方便 。如果要构建ML树，建议用phyML构建贝叶斯树 。如果不是专业成就 ， MEGA就够了 。建议参考以下文章:一、引言在开始写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样一篇文章？
我希望解决什么样的问题？带着这样的疑问，我随便在DXY上以“进化分析帮助”为关键词搜索，居然有289个相关帖子(2006年9月12日) 。然而，用关键词“Evolution 分析”和“Evolution”进行搜索，分别找到了2733个和7724个相关帖子 。考虑到有些帖子的内容与分子进化无关 ， 我这里保守估计大概3000 ~ 4，
2、分子进化树构建及数据 分析方法介绍【转】【genedoc对比结果分析】首先是方法的选择 。基于距离的方法包括UPGMA、ME(最小进化)和NJ(邻居连接) 。其他方法包括MP(Maximumparsimony)、ML(Maximumlikelihood)和贝叶斯推断 。UPGMA方法已经用的比较少了 。
对于相关序列，有些人喜欢MP，因为它使用的假设最少 。MP一般不用于远序列，此时一般用NJ或ML 。对于相似度较低的序列，NJ常出现长枝吸引(LBA) ， 有时会严重干扰进化树的构建 。贝叶斯方法太慢了 。对于通过各种方法构建分子系统树的准确性 ， 综述(HallBG 。MolBiolEvol2005 ， 
3、分子进化树构建及数据 分析方法介绍转自:首先是方法的选择 。基于距离的方法包括UPGMA、ME(最小进化)和NJ(邻居连接) 。其他方法包括MP(Maximumparsimony)、ML(Maximumlikelihood)和贝叶斯推断 。
一般来说，如果型号合适，ML的效果更好 。对于相关序列，有些人喜欢MP，因为它使用的假设最少 。MP一般不用于远序列，此时一般用NJ或ML 。对于相似度较低的序列 ， NJ常出现长枝吸引(LBA)，有时会严重干扰进化树的构建 。贝叶斯方法太慢了 。对于通过各种方法构建分子系统树的准确性 ， 综述(HallBG 。MolBiolEvol2005，
4、tree-puzzle Sequence comparison建议用ClustalX来构建NJ或者MP树，用MEGA就够了，非常方便 。如果你想构建ML树，你应该使用phyML来构建Bayes树 。如果不是专业成就，MEGA就够了 。我建议参考下面这篇文章:一、引言在开始写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样一篇文章？写这样的文章有什么实际意义吗？
带着这样的疑问 ， 我随便在DXY上以“进化分析帮助”为关键词搜索，居然有289个相关帖子(2006年9月12日) 。然而 ， 用关键词“Evolution 分析”和“Evolution”进行搜索 ， 分别找到了2733个和7724个相关帖子 ， 考虑到有些帖子与分子进化无关，我保守估计大概有3000 ~ 4000个关于分子进化的帖子 。

    推荐阅读


    上一篇：举例说明层次分析法

    下一篇：珊瑚红是什么色？和桔色有什么区别？珊瑚色是什么颜色?