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fastqc结果分析,FastQC报告解读

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FastQC基本介绍FastQC基本介绍:FastQC是一款基于Java的软件 ， 可以快速评估测序数据的质量 。其官网为:主要参数:主要格式:fastqcooutdirtthreathreadsfastq 2...运行后，会生成两个文件，一个是，html网页文件，另一个是. zip压缩文件 。

1、转录组 分析入门1——背景知识mRNA:最常见的转录组测序，且数据库一般以200300bp片段为基?。琺icroRNA以PE150或125测序:microRNA分离后直接测序；IncRNA:长链非编码RNA有正向和反向转录 ， 要建立链特异性数据库【关于链特异性数据库:功能是在测序过程中保留转录本的方向信息，以便我们知道转录本是来自正义链还是反义链 。

2、DNA甲基化数据 分析全流程20210101更新类似于RNAseq之前的过程，如质量上下文、接头去除、参考基因组比较和测序，都是提取甲基化位点，包括CpG、CHG和CHH，H代表非g位点(A、C和T) 。得到bedgraph文件后，将样本汇总成一个GR(GenomicRanges)文件，方便后续分析更多信息需要查看帮助文档和官方FastQC手册 。自己pdf 。另外官网版本对每个模块都有详细的解释，给出警告或者错误的可能原因就不戳了！

3、测序结果用什么软件打开测序结果文件一般保存为FASTQ、SAM或BAM格式，这些格式的文件都是纯文本文件，可以用各种文本编辑器打开，如记事本、SublimeText等 。但是这些文本编辑器不能分析和处理测序结果文件，所以一般需要使用专门的生物信息学软件来分析和处理 。常用的生物信息学软件有Geneious、CLCGenomicsWorkbench、Bowtie、TopHat等 。

4、ATAC-seq专题---生信 分析流程ATACseq information分析该过程主要分为以下几个部分:数据质量控制、序列比较、峰检测、motif 分析、峰注释、富集分析 ， 下面将对各部分的内容进行说明 。对板外数据进行过滤以移除过多或低质量的读取 ， 并为后续分析获取干净读取 。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等 。Fastp是一个相对较新的软件 。使用时，可以使用adapter _ sequence/adapter _ sequence _ R2参数传入接头序列，也可以将这两个参数留空，软件会自动识别接头并切割 。
【fastqc结果分析,FastQC报告解读】
5、FastQC的基本介绍FastQC基本介绍:FastQC是一个基于Java的软件，可以快速评估测序数据的质量 。其官网如下:主要参数:主要格式:fastqcooutdirtthreadsfastq 2...运行后 ， 会生成两个文件，一个是 。html网页文件，另一个是. zip压缩文件 。

6、DamID-seq 分析笔记(一1:illumia机器排序的方向是3>5 。附图:我是PE150测序，测序的适配器:gatcggaaga第一个看数据 。我先打开fq的一个文件看一下:Illumia机器测序的方向是35 。在这种情况下，trim后的一些读取会更短 。

7、生信笔记2- fastqc的安装和使用 fastqc是生成两个文件，一个 。html网页文件和一个. zip压缩文件，转录组数据质量检查软件运行后 。只看html网页文件:指用于质量控制的文件名编码；指测序平台的版本和相应的编码版本号TotalSequences指读取次数；指测序的长度；%GC是指整个序列中GC的含量；该图中的横轴是测序序列中从第1个碱基到第151个碱基的质量分数 。Q10 * log10(误差)表示20代表误差率0.01，30代表0.001 。纵轴值越高，质量越好 。图中红线表示中值图中蓝色细线为各位置的平均值，连线序列长度为51bp，因此这51个位置中各位置的Q值的平均值为本次读取的质量值#图的横轴为040，表示Q值的纵轴为各值对应的读取次数的样本数据 。

8、2022你还在用 fastqc?超高速fastq前处理工具教程得到NGS全基因组下行序列后，肯定是fastcc Cutadapt trim omatic引物去除序列，匹配序列对原始数据进行一波激烈的过滤 。但这需要多次读写数据，生产效率很低 。所以这里推荐一个集成了这三个工具功能的更智能的工具fastp 。Fastp不仅可以自动识别fastq数据中的引物和匹配序列，还可以自动识别数据是单端还是双端 ， 以支持长/短阅读序列 。
而且还能自动识别阅读顺序错误并删除 。计算效率是fastqc的2~5倍，引用原文:可以通过git获取，也可以通过康达安装 。默认函数包括Qualityfiltering、Lengthfiltering、Lowcomplexityfilter和Adaptertrimming，也可能是pairend 。以html和json格式输出结果报告 。

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