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pathway分析,kegg pathway分析

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功能丰富和pathway分析，途径/基因组导航:支持查询和可视化 ， 分析pgdbs 。还可以使用blast输出文件制作blast2go，获取go号 ， 对GO进行评论，KEGG pathway 分析 ， 这时，你的fastq文件就变成了fasta，Anenrichmentanalyst将使用hatgeneset的批注找到whichonytoloytermsareoverrepresented(未知) ， 一般来说，enrichment 分析是基于一个先验知识图谱对输入内容进行聚类，并得到聚类结果 。
1、非模式生物GO、KEGG富集 分析GO ， KEGG enrichment 分析都是我们信息分析常用的部分，可以把基因和功能联系起来 。GO指的是基因本体论，是基因功能的国际标准分类体系 。目的是建立一个适用于各种物种，定义和描述基因和蛋白质功能，并能随着研究的深入而更新的语言词汇标准 。GO分为三个部分:分子功能(MF)、生物过程(BP)和细胞成分(CC) 。
2、如何进行转录组数据 分析?首先，芯片呢？还是转录组测序？我不太了解芯片 。它可能是一个封闭的系统 。目前来看，发现新的转录本不是很有利 。如果转录组测序完成 ， 首先去除污染的序列 ， 然后片段重叠 。然后定位每个read到基因组，得到GO值，功能注释，转录水平评估 ， 功能富集和pathway 分析 。如果对新发现的转录本感兴趣，还可以对转录本进行功能预测和细胞定位 。希望有高手评价一下哪里不对，指出来就好 。
然后回来，你可能要纠正错误的顺序，软件SEECER 。这时，你的fastq文件就变成了fasta 。然后你把序列拼接起来，用Triity，拼接好之后可以和blast比对，看有没有匹配的 。还可以使用blast输出文件制作blast2go，获取go号 ， 对GO进行评论，KEGG pathway 分析 。还有分析点的差异表达基因等 。我现在说的是没有参考基因的转录组数据处理 。
3、转录组数据 分析问题求教首先芯片呢？还是转录组测序？我不太了解芯片 。它可能是一个封闭的系统 。目前来看 ， 发现新的转录本不是很有利 。如果做转录组测序，首先要去除污染的序列，然后重叠片段 。然后，我们将每个read定位到基因组，得到GO值、功能注释、转录水平评估、功能富集和pathway 分析 。如果我们找到新的抄本，
4、如何研究lncrna与mrna的关系?1 。LncRNA是一种转录长度超过200nt的RNA 。它们本身并不编码蛋白质，而是在多种水平上调控基因的表达水平(表观遗传调控、转录调控和转录后调控等 。)以RNA的形式存在 。生物体内的含量相相当丰富，约占RNA的49%(约占mRNA的12%) 。LncRNA的组织特异性和特异性细胞定位表明，lncRNA受到高度调控，已知它与发育、干细胞维持、癌症和一些疾病有关 。
5、富集 分析第二弹Enrichment分析，它来自单词Enrichment例如，给fgenesethatureupregulated education income，一个richmentanalyst是willfinddwhichonytologytermsareoverrepresented(unknown)使用hatgeneset的注释 。一般来说，enrichment 分析是基于一个先验知识图谱对输入内容进行聚类，并得到聚类结果 。
6、【Pathviewweb】通路映射可视化pathview是一个R包，具有友好的路径可视化 。最重要的是支持多组数据图谱(基因/蛋白质代谢) 。我自己也用过它的R包，后来发现有网页版，就果断给同学们介绍了 。因为不常用，所以把要点记录下来，复习一下，以备后用 。目前网页版和R包的访问和申请时间如下 。很明显，R团用户占优势 。Web界面是用LaravelFramework和r在PHP上搭建的，地址:访问者在使用时可以快速访问，但是如果注册的话分析的结果会保留一段时间 。
NewAnalysis就是我们要导入的数据分析并设置一些参数 。怎么用？或者有哪些功能？它提供了example1example4的四种情况 ， 了解这四种分析 。我们只需要以后按照葫芦画瓢来设定就行了 。让我们看一下例1 。多样本KEGG可视化 。第一个选项 ， 输入和输出，在这个演示数据中，有3个基因样本和2个代谢组学样本:第二个选项，图形，是图形参数 。
7、有没有大神熟悉 pathwaytools是路径工具，软件路径工具是综合符号系统，生物软件系统与BioCyc数据库集合相关联 。Path工具支持生物信息学和系统生物学的几个用例:生物特定数据库(也称为模型生物数据库)的开发，它集成了许多生物信息学数据类型 ， 从基因组到路径 。代谢重建和建模 。科学计算可视化、网络发布、传播那些生物体特有的数据库 ， 包括:完整的代谢网络和代谢途径自动显示基因组浏览器显示操纵子调控子、全转录调控网络vision 分析基因表达和代谢组学数据集等全面的代谢网络图、完整的调控网络、完整的 。
【pathway分析,kegg pathway分析】比较基因组和途径分析生物网络分析:在指定途径之间发现代谢物鉴定瓶颈(潜在药物靶点) 。代谢网络中的途径工具有四个组成部分:创建一个新的途径/基因组数据库(PGDB ),其中包含预测代谢途径的生物体，并提供GenBank登录输入，途径/基因组导航:支持查询、可视化、分析pgdb 。

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