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motif分析,MEME基因家族motif分析

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MEME保守基序分析结果如何看出不同颜色的方块代表不同motif？一般来说，要看你分析的序列是否相同motif 。et al. N6在Humangenome中进行甲基化修饰的过程如下:最后生成NBSARC_qua.aln和NBSARC_qua.aln文件，其中NB.aln文件用于建立新的马尔可夫模型文件，新生成的拟南芥特异性Markov模型用于在pep文件中寻找NBARC基因家族的序列，过滤结果文件，Evalue值小于0.01，ID重复，最后ID保存为final _ e02.nb _ ids.list. 。

1、MEME保守基序 分析结果怎么看不同颜色的方块表示不同motif 。一般来说，要看你的分析序列是否有相同的motif 。比如你分析物种A和物种B的基因相同，那么它们的结果应该是相同的motif ， 位置数基本相同 。这个motif length参数是可以设置的，设置不同的参数结果会不一样 。每个motif用一个基数表示，字母越大，站点越保守 。
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2、一篇2区的基因家族 分析文章带你飞bzr(油菜素内酯抗性)家族基因编码参与油菜素内酯信号转导的植物特异性转录因子，在植物生长中起重要作用 。今天我将带给你一篇关于甜菜BZR基因家族分析的文章 。文章于2019年5月9日在线发表于BMCPlantBiology(影响因子3.93，中国科学院二部) 。分析的详细信息如下:1 。甜菜BvBZR基因的鉴定 。鉴定了6个BvBZR基因:Bv5_cuzi、Bv_epwr、Bv1_fxre、Bv6_nyuw、Bv1_qnjn和Bv_yfzt 。

3、文献精读|基因组6mA修饰相关文章解读及部分 分析重现ZhuS，BeaulaurierJ ， DeikusG，etal 。利用单分子测序技术对6甲基腺嘌呤核基因组进行作图和表征[J].GenomeResearch，2018 ， 28(7):gr..117.XiaoCL，
等.人类基因组中的N6甲基腺嘌呤DNA合成[J].分子细胞，2018，71 (2) 。总之，本文从华夏一号的PacBio第三代测序数据开始，前六个结果介绍PacBio测序寻找6mA修饰的准确性，对基于二代测序的6mAIPseq、基于质谱的LCMS/MS、基于qPCR的6mAIPqPCR和6mAREqPCR的方法进行了验证和补充 。结论是基于二代测序的6mAIPseq可以获得SMRT数据中的6mA修饰位点，但位点明显少于SM 。

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