锐客网

  1. 首页 > 睿知 > >

如何利用cytoscape画ceRNA互作网络图？cytoscape怎么读

经验分享睿知

如何利用cytoscape画ceRNA互作网络图？ 说起互作网络图 ， 大家都不陌生 。看文献的时候，经常看见相互作用网络图展示了circRNA-miRNA的靶向关系或者ceRNA竞争性网络关系 。我们先来看几个图：CircRNA-miRNA network maps the interaction relationship between circRNAs and miRNAs[1]miRNA-ceRNA network. Upregulated circRNAs/miRNAs ceRNA network. [2]网络图
cytoscape怎么读cytoscape的读音是：英['sa?t??sk??p]，美['sa?t??sk??p] 。Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，它支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入 ， 或者利用软件本身的编辑器模块直接构建网络 。Cytoscape还能够为网络添加丰富的注释信息 ， 并且可以利用自身以及第三方开发的大量功能插件 ， 针对网络问题进行深
cytoscape怎么做由大到小的节点用python中的networkx包构建了多个网络 ， 每个网络代表一个生物实验 。然后我将这些网络导出为gml文件，以便在cytoscape中可视化并进行比较 。在每个文件中，我有两个节点属性-即count和color 。在cytoscape中，我将节点大小指定给它的计数 。然而，节点数量之间存在巨大差异，例如 ， 一些节点的计数为100，而其他节点的计数为50000 。我想把所有细胞景观网络中所有节点的大小映射到一个比例，并有一个图例来指示相对大小 。
cytoscape图怎么保存能够再次进行修改如下 。cytoscape是由许多研究单位共同合作开发的一个开放源码的生物信息分析软件 。研究单位包括加州大学圣地亚哥分校的TreyIdeker实验室，加州大学旧金山分校的BruceConklin实验室，Pasteur研究院的Benno Schwikowski实验室，Memorial_Sloan-Kettering癌症研究中心的Chris Sander实验室，Institute forSystems Biology的Leroy Hood实验室 。首先这个软件是基于JAVA的一款多功能软件，在安装好相应版本的JAVA之后，安装的cytoscape才可以正常运行 。一、输入文件支持多种输入格式，可以保存工程文件，支持多种布局的方式 ， 支持导出图像 ， 样式可以做丰富的调
Cytoscape构建网络图实操【如何利用cytoscape画ceRNA互作网络图？cytoscape怎么读】 网络图非常常见，不仅被用在生物信息学分析，在生活中也很常见 ， 如民航航线图、食物链、基因调控网络都是网络图经典的例子 。node文件：非必须 ， 按需准备 。如下图所示，第一列是点的基因名 ， 注意对应edge文件中的点的信息，我下图展示的是我给每个基因Ensembl ID添加的Gene Symbol信息和注释信息，也可以是其他的数据，如基因

    推荐阅读


    上一篇：dll 分析,DLL分析编辑工具

    下一篇：管理团队分析,公司团队建设与管理