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mega6进化树分析,进化树怎么分析亲缘关系

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Mega 分析树为什么有刻度mega 进化树在时钟上调整 。打开mega，并构建进化树前是什么分析序列？如何用mega构建贝叶斯进化树？首先打开mega新建一个项目 ， 然后在新项目上画出Bayesian 进化 tree的主干，最后填写细节，点击保存项目 ， 如何分析系统发育树是否支持进化关于物种的起源和分化从分叉处就可以看出来 。

1、如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建 进化树MEGA是一个关于序列分析和比较统计学的工具包 。从3.1版本到后来的4.0版本已经广为人知，现在又发布了Mega5.0版本 。功能比以前提高了很多 。本文主要介绍利用Mega5.0构建system 进化 tree的方法，供大家参考 。用MEGA构造进化 tree有以下步骤:1 .测序:对克隆、扩增和测序得到的16SrDNA序列进行测序 。

2、构建 进化树前怎么 分析序列?掐头去尾首先你需要一个可以编辑序列的软件(比如Mac系统的MacGDE，WIndows的BioEdit，Mega，Genuis，ClusterX等 。)对整个数据库进行排序，也就是把相似的站点放在一起 。同时，您应该决定用于构建树的方法，一般使用MaximumLikelihood(Paup)，Bayesian(MrBayes) 。

3、如何 分析系统发育树是否支持 进化论从分叉处可以看出物种的起源和分化 。构建系统进化树应注意的几个问题:1 .相似性和同源性的区别:只有当序列与一个祖先进化发生分歧时，才是同源的 。2序列和片段可能彼此相似，但某些相似性不是由于进化的关系或相似的生物学功能 。也许最明显的例子是特定的序列组成或片段重复 。然后是非特异性序列相似性 。进化树法:物种间的相似性和差异性可以用来推断进化的亲缘关系 。

五个分支的长度可以用来表示真实的进化类间距离 。理解系统开发中计算能力的局限性很重要分析 。任何树构造实验的目的，基本上都是从众多不正确的树中选出正确的树 。没有任何方法可以保证一个系统发育树一定代表真实进化通路 。但是 ， 有些方法可以检验进化树检测的可靠性 。第一，如果不同的方法能得到相同的结果，就能很好地证明树是可信的；第二，可以对数据进行重新采样，以测试它们的统计显著性 。

4、分子 进化树构建及数据 分析方法介绍【转】首先是方法的选择 。基于距离的方法有UPGMA、ME(MinimumEvolution，minimum 进化 method)和NJ(neighborhood joining) 。其他方法包括MP(Maximumparsimony)、ML(Maximumlikelihood)和贝叶斯推断 。UPGMA方法已经用的比较少了 。

对于相关序列，有些人喜欢MP，因为它使用的假设最少 。MP一般不用于远序列，此时一般用NJ或ML 。对于相似度较低的序列，NJ常出现长枝吸引(LBA) ， 有时会严重干扰进化树的构建 。贝叶斯方法太慢了 。对于通过各种方法构建分子树的准确性 ， 综述(HallBG .MolBiolEvol2005 ， 

5、怎样用mega构建贝叶斯 进化树首先打开mega新建一个项目，然后在新项目上绘制Bayesian 进化 tree的主干，最后填写细节，点击保存项目 。如何用MEGA 1构造进化树？选择参照序列有几个原则:a、不选择未培养的微生物作为参照；b、选择的参考序列应该是正确的，里面没有错误的碱基；c、在保证同属的前提下，优先选择16SrDNA全长测序或全基因组测序的物种；d ， 

如果同属序列较多 ， 可以适当选择两个参考序列 。2.序列比较将排序后的序列导入到clustalx1.83中 ， 如下图所示:程序自动运行 ， 得到结果，两个带有 。aln和 。自动输出免打扰后缀 。序列比对也可以直接用MEGA完成 。打开程序MEGA，如下图:MEGA3.1只能打开meg格式的文件，但是可以转换其他格式的多序列比对文件 。
6、mega 分析树怎么有标尺【mega6进化树分析,进化树怎么分析亲缘关系】mega 进化树在时钟上调整 。因为这样一来 ， 玩家会获得更多的经验值 ， 如何在maga中添加标尺:首先打开WORD文档 ， 点击上面的“查看选项卡”再点击“下面”即可显示 。在尺子的综合框中勾选尺子就会显示出来 ， 这样就可以随意调整尺子改变位置了，以上是快速添加尺子的方法 。打开mega，然后点击设置隐藏进化 tree分支系统 。

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