锐客网

  1. 首页 > 生活百科 > >

gromacs 结果分析

经验分享生活百科

如何在ubuntu环境下自动安装gromacs？首先打开Ubuntu的终端 ， 输入命令$aptcachesearch gromacs 。上面的命令是在软件源中搜索与gromacs相关的软件包，在我电脑上的执行结果如下:gromacslamtransitionpackagetogromacsopen MPIgromacs分子动力学模拟器 。

1、分子动力学的基本步骤用采样系统的各状态计算当时系统的势能 ， 然后计算构型积分 。动作电位和动态计算的选择与动态计算密切相关 。当选取不同的作用势时，系统的势能面会有不同的形状，动力学计算得到的分子运动和内部运动的轨迹也会不同 ， 从而影响采样结果和采样结果的势能计算 。在计算宏观体积和微观组成的关系时 ， 主要采用刚性球模型的二体势来计算系统能量 。前期用LennardJones，morse势等两体势模型求熵等关系 。对于金属计算，主要使用莫尔斯势 。但由于实验拟合的相反势容易导致柯西关系 ， 与实验不符，有人提出在后期的模拟中采用EAM等多体势模型 ， 或者通过一定的物理方法用第一性原理计算结果拟合两体势函数 。

2、Martini2.2P力场笔记Martini力场从一出来就受到了很多人的喜爱，尤其是蛋白质的力场 。最近(2013)Martini力场在很多方面都有应用 。包括以下内容:1 .蛋白质调节囊泡的融合；2.膜结构域的形成；3.磷脂的翻转；4.磷脂和表面行为(？油脂和表面活性剂 。磷脂层6的折叠 。膜结合(？

3、NVIDIATeslaK80GPU如何助力 分析打结蛋白质的折叠过程?蓝海大脑人工智能液冷服务器研究人员表示:在通过马尔可夫模型研究打结蛋白质的变化路径过程中，需要在初始路径附近和可行域空间内对大量可能的初始构象进行采样 。只有足够多的分子构象才能给分析 process带来可靠的信息，而传统的基于CPU的分子动力学模拟非常耗时 。并行效率低，得到的构象不足以用马尔可夫模型分析进行 。我们用NVIDIA的TESLAK80GPU加速了这个采样过程，实现了分布式加速 。

从三叶结蛋白扩展轨迹分析中提取出现概率最大的一个 。通过处理蛋白质的接触图，三叶结 ， 基于Gromos方法聚类分析得到最可能的构象 。基于NVIDIAKepler架构的K80拥有两个GK210GPU ， 为分子动力学模拟提供强大稳定的计算能力 。这个过程是通过开源软件GROMACS实现的 。

4、在ubuntu下安装 gromacs已经按了fftw输入make显示make:***没有...如果是gromacs的低配版，那么你需要 。/先配置，以下参数根据自己情况，只能做；它如果成功了；如果是gromacs4.6 ， 需要用cmake安装 ， 即需要先安装cmake，再用cmakegromacs安装；你用百度搜索groamcsgpu，搜索结果里有一个关于如何在gpu环境下安装gromacs的问题，可以参考，不可复制 。

5、如何在ubuntu环境下自动安装 gromacs首先打开Ubuntu的终端，输入命令$aptcachesearch gromacs 。上面的命令是在软件源中搜索与gromacs相关的软件包 。在我电脑上的执行结果如下:gromacslamtransitionpackagetogromacsopen MPIgromacs分子动力学模拟器 。
【gromacs 结果分析】dataanddocumentationgromacsdevGROMACSmoleculardynamicssim ， development kitgromacsmpichmoleculardynamicsim，binaries formpichparallelizationgromacsopenmpimoleculardynamicsim 。

    推荐阅读


    上一篇：n2o游戏大师，LOL网吧截图在哪

    下一篇：微信有邮箱吗,邮件注册新用户