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用r语言对go结果作图 r语言做kegg

IT技术函数

R语言绘制好看的饼图、空心饼图饼图或者说扇形图在统计分析结果展示中非常常用，R语言自带做饼图的函数pie ， 做起来非常简单 ， 只需提供比例，样品名称即可 。
默认的颜色只有6中，循环使用的，不过这个颜色可以自定义 。
用pie作图其实就够了，但奈何很“卷” ， 有其他好看的饼图，所以接下来还是结合ggplot2与ggforce做可以变换的饼图，例如空心饼图 。单独用ggplot2作图比较繁琐，不建议去尝试了，太费时间没必要 。
先做一个基本的饼图 。
要想得到空心饼图，只需要将geom_arc_bar参数中r0改为1即可 。
想要分割饼图，geom_arc_bar中添加explode参数 。
可以发现，以上作图有一个bug就是添加比例标记很麻烦，要想实现自动化需要编写函数很麻烦 。参考：。可以先将每个标签角度计算好，再添加，结果还好 。
好了以上就是饼图的内容了，其本质是为了统计比例，结果解读比较直观，我们也是跟风做了一些变换的图形，其实最简单的饼图就可以了 ， 各取所需 。此外，还有很多其他方法制作饼图，感兴趣的自行百度了解 。
R语言可视化及作图6--ggplot2之点图、条形图、盒形图、直方图、线图R语言绘图系列：
标度控制着数据到图形属性的映射，标度将我们的数据转化为视觉上可以感知的东西，比如大小、位置、颜色、形状等 。标度也为我们提供了读图时所使用的工具 ， 比如说坐标轴和图例 。总的来说，可以称为引导元素 。标度函数控制元素的属性，可以理解为图形的遥控器，可以用它来调整画布大小、颜色等等 。此前学的shape,color,size等参数和标度函数相比显得不够灵活 。
scale_fill_brewer 调色板函数
geom_errorbar()
geom_crossbar()
geom_linerange() 绘制线段
geom_pointrange() 绘制点
pointrange：点画线
首先绘制一张盒形图
在图上显示出观测值
值得注意的是，图上点的多少并不能完全反应原始数据的多少，因为有的点可能因为点过于密集就会被覆盖，看起来是一个点，其实可能是多个点 。
因此可以使用geom_jitter函数将不同的点区分开（jitter是震荡散点），width设置如果遇到相同的点，点向左右方平移的距离 。alpha设置透明度 。
黑色点是离群点
还可以绘制卡槽图
varwidth参数会根据该水平下观测值的个数（n值）改变盒形图的宽度 。（这里宽度去的不是观测个数的绝对值，而是平方根，以缩小差距 。）
给盒子上色
分组盒形图，用不同颜色区分
画水平的盒形图
使用coord_flip函数（坐标轴翻转函数）
绘制一张直方图
bins可以设置直方图条柱的数目，默认为30 。当bins和binwidth（设置条柱宽度）同时设置时，默认以binwidth为准 。
新加入变量cut，根据新变量在price水平上进行一个计数
y轴由count变为density ， 绘制概率密度
注意下面density的写法，前后都要加..
绘制概率密度曲线：geom_density函数
堆栈密度概率曲线
geom_line/geom_path/geom_step
绘制一个简单的线图
绘制点线图，点和线需要分别添加 。
如上图，线在点之上 ， 是因为先投射了点，又投射了线 。
先投射线，点就出现在了线之上 。
线的颜色出现了渐变
geom_smooth函数：绘制拟合曲线
methods还有其他的方法，如glm：广义线性模型；losses：纯粹平滑；gam：广义加性模型等等（lm和glm最常用）
geom_hline绘制水平线，geom_vline绘制垂直线 。xintercept和yintercept是截距，slope是斜率 。
R语言可视化及作图7--ggplot2之标签、图例和标题绘制 R语言绘图系列用r语言对go结果作图：
使用geom_label绘制标签散点图
绘制点用r语言对go结果作图，并通过nudge参数对标签进行x轴和y轴上的平移
使用angle参数对标签角度进行设置
geom_label可以使用fill对颜色进行填充,fontface设置字体，geom_text不能填充颜色
parse参数意思是前面传入的是一个数学表达式，size定义标签相对大小 。
画一个散点图
annotate函数传入标签
添加矩形
添加短线段
2.1 guide_legend函数（主要参数：color, shape, size）
图例调整函数也属于标度函数的一类，但不可以直接使用加号来连接，必须放在函数中，作为一个参数 。
guide_colorbar和guide_legend设置的是不同的图例，guide_colorbar定义色条图例，guide_legend定义普通图例 。
2.2 标度函数scale
对于连续型变量，使用的参数是scale_xxx_continous()，对于分类型变量，使用的是scale_xxx_discrete() 。
2.3：theme函数
在theme函数中，与图例有关的主要参数有：
标题主要有五种：主标题，副标题，角注，x轴标签和y轴标签
ggtitle()只能定义标题和副标题，默认的位置在左上角 。
【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题 前面我给大家详细介绍过
?GO简介及GO富集结果解读
?四种GO富集柱形图、气泡图解读
?GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图
?KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图
?DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
?GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说 ， 利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了 。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了，简直不忍直视 。经过我的认真研究，发现跟R版本有关 。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图 。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2 。
我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新 。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在 。
dotplot这个函数 ， 多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明
【用r语言对go结果作图 r语言做kegg】 label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示 。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数 ， 把他设置成100，让我们的标签可以一行展示 。
是不是还是原来的配方 ， 还是熟悉的味道
同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌 。
关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文
GO和KEGG富集分析视频讲解
如何用R语言画图q1, 首先要确定是barplot还是hist，如果是barplot的话，应该不存在breaks的问题，因为barplot的传入参数是个矩阵；
我假设你要画的是个hist ， 我偶遇过这个问题，我的理解是hist的breaks的值要能被范围整除才行；比如x=1:200 ， break=7的话，就只能画出4个柱来，但如果breaks=10就没问题；基本上是这样的 ， 偶尔也有例外；比如break=5就不行....奇怪得很
最后，没办法的办法，就只能用barplot代替hist了 ， barplot肯定不会有这个问题，统计下hist参数中的分布情况，转换成矩阵，用barplot吧；
q2, 貌似一般都用一组因素把这些类别区分开，我用abcde ， 表示你的小学，中学...了，比如这样：
a=1:7;b=8:10;c=c(9,10,11);d=c(40,55);e=100:110f=factor(c(rep(1,sum(length(a),length(b),length(c))),rep(2,sum(length(d),length(e)))))#先用c()生成数组，在转换成factor，其实数组也ok的 ， 不过plot()中两个数组和factor不一样 x=c(a,b,c,d,e)plot(x~f)q3, 就我所知不行；yes或no一定也要是能映射到x，y范围内的点才行；你是想表示分类结果吗？如果是的话 ， 通常用颜色，或者在点旁边的text表示 。
q4, 举个例子吧
x=-50:50y=x^2 x 1z=10*abs(x) 1 plot(x,y,type='l')lines(x,z,lty=3)legend(c('type1','type2'), x=-20,y=2500, col=c('black','red'), lty=c(1,3))legend的x和y是legend的左上角，匿名参数是类型名称，col,lty,pch 是对应的颜色，线类型，和点类型 。
最后，我现在多用ggplot2，如果不抵触的话可以看看，和R的基础作图包思路不是很一样，但是图很清新的；
如果还有问题，建议把数据集data.frame粘贴几行上来 ， 我也试试；
[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle 查看GOplot内示例数据的格式，对自己的数据做处理
观察结论：
观察自己的两个数据表：
table.legend 设置为T时会显示表格
本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成，没有用R中的拼图包
用r语言对go结果作图的介绍就聊到这里吧 ， 感谢你花时间阅读本站内容，更多关于r语言做kegg、用r语言对go结果作图的信息别忘了在本站进行查找喔 。

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