【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题1、最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了 。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视 。经过我的认真研究，发现跟R版本有关 。
2、GO富集的根本问题在于一个基因对应的GO term有多个，一个term对应多个gene，同时还有层级关系 。这样导致如果一个term显著富集，那和它共享很多基因的term也会显著富集 。
3、其中2个与生长素信号转导相关 ， 而另外8个则没注释到生长素信号转导相关，简单画一下，即 好，剩下的两个就不替换了 。整体上，ORA模式的富集分析，本身就是经典的抽球案例，感兴趣的自行替换就可以了 。
4、单细胞富集分析我最常用的是 分组GSVA，但最近用到了GO分析，就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图 。载入无比熟悉的pbmc.3k数据集 (已注释好，数据准备见 monocle )pbmc3k数据集只有1个样本，没办法区分HC和病例组 。
5、在是否需要构建的问题上 ， 我看到徐洲更在 功能注释后如何做富集分析 中提到 “你不需要构建Orgdb，因为Orgdb的用途是进行基因编号和GO/KEGG的转换 。
R语言circlize包绘制圈图#expect_Heat_matrix(图4)就是我们生成的用ComplexHeatmap包绘制热力图所需要的矩阵 。
如何用R语言画气泡图1、然后，我们来看一看用常见的包ggplot2应该如何做该图 。首先我们要对数据处理一下，剔除一些不必要的信息：稍作改变，去除图例添加facet 。
【R语言绘制GO富集气泡图，r语言富集分析气泡图】2、坐标为x，y的点图 点的size 用另一变量Z控制 。
3、利用R语言堆叠图 ， 我们可以将一个项目中所有样品的物种组成展示出来 。下面介绍如何利用R语言进行物种组成分析和可视化 。
4、我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新 。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在 。
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