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r语言绘制go分类 r语言分类器

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R语言：clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换 ID转换用到的是 bitr() 函数，bitr()的使用方法：
org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型
keytypes() ：keytypes(x)，查看注释包中可以使用的类型
columns() ：类似于keytypes()，针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致
select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函数enrichGO()进行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：
【r语言绘制go分类 r语言分类器】 举例：
[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle 查看GOplot内示例数据的格式，对自己的数据做处理
观察结论：
观察自己的两个数据表：
table.legend 设置为T时会显示表格
本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成 ， 没有用R中的拼图包
如何用r语言进行数据分类R语言是用于统计分析、绘图r语言绘制go分类的语言和操作环境 。R语言是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件r语言绘制go分类 ， 它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具 。R是一套完整的数据处理、计算和制图软件系统 。其功能包括r语言绘制go分类：数据存储和处理系统；数组运算工具（其向量、矩阵运算方面功能尤其强大）；完整连贯的统计分析工具；优秀的统计制图功能；简便而强大的编程语言：可操纵数据的输入和输出r语言绘制go分类，可实现分支、循环r语言绘制go分类，用户可自定义功能 。
R语言按照以下几点进行数据分类
通过选择菜单
程序包-安装程序包-在弹出的对话框中，选择你要安装的包，然后确定 。
使用命令
install.packages("package_name","dir")package_name:是指定要安装的包名，请注意大小写 。dir:包安装的路径 。默认情况下是安装在..\library 文件夹中的 。可以通过本参数来进行修改 ， 来选择安装的文件夹 。
本地来安装
如果你已经下载的相应的包的压缩文件，则可以在本地来进行安装 。请注意在windows、unix、macOS操作系统下安装文件的后缀名是不一样的：
1）linux环境编译运行：tar.gz文件
2）windows 环境编译运行 ：.zip文件
3）MacOSg环境编译运行:.tgz文件
加载包
包安装后，如果要使用包的功能 。必须先把包加载到内存中（默认情况下，R启动后默认加载基本包），加载包命令：
Library(“包名”)
【R语言】解决GO富集分析绘图 ， 标签重叠问题 前面我给大家详细介绍过
?GO简介及GO富集结果解读
?四种GO富集柱形图、气泡图解读
?GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图
?KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图
?DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
?GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图r语言绘制go分类的时候，发现GO条目r语言绘制go分类的名字都重叠在一起了 。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了，简直不忍直视 。经过我r语言绘制go分类的认真研究，发现跟R版本有关 。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图 。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2 。
我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新 。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下 ， 终于发现的症结所在 。
dotplot这个函数，多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示 。既然问题找到了 ， 我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示 。
是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道
同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌 。
关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文
GO和KEGG富集分析视频讲解
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