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r语言go聚类图 r语言聚类分析图

IT技术富集

统计：R语言进行聚类分析的问题问题1：代码如下
#b为新建立的0矩阵，a为原始数据矩阵，读取文件test.txt的数据
a- as.matrix(read.table("test.txt"))
b- matrix(0,nrow=ncol(a),ncol = ncol(a))
for(n in i : nrow(a))
{
for(i in 1 :ncol(a))
{
if(a[n,i] == 1)
{
for( j in 1 :ncol(a))
{
if(a[n,j] == 1i!= j)
{
b[i,j] = b[i,j] 1
}
}
}
}
}
#结束
新矩阵是b
问题2：
k - 3 #设定聚类数
a- read.table("test.txt"))#读入数据
【r语言go聚类图 r语言聚类分析图】cl - hclust(dist(a),method="single")#设定聚类方法
memb - cutree(cl, k=k) #分割聚类数
memb是类别标记
至于聚类分析图，我不知道什么意思 。
R语言绘制二元聚类图R语言绘制二元聚类图
说明
之前使用k均值方法将数据划分到不同的簇中，但当变量个数大于2时，就无法在二维空间中展示数据聚类的过程 ， 因此可以使用二元聚类图先将变量减少成两个主要成分 ， 然后利用组件（诸如轴线和椭圆）来展示数据聚类的结果 。
操作
载入包 ， 绘制二元聚类图
library("cluster")
clusplot(customer,fit$cluster,color = TRUE,shade = TRUE)
二元聚类图
对二元聚类图进行标记并放大：
par(mfrow = c(1,2))
clusplot(customer,fit$cluster,color = TRUE,shade = TRUE)
rect(-0.7,-1.7,2.2,-1.2,border = "orange",lwd = 2)
clusplot(customer,fit$cluster,color = TRUE,xlim = c(-0.7,2.2),ylim =c(-1.7,-1.2))
原理
本节绘制了一个二元聚类图以展示数据聚类的过程 ， 我们首先安装和导入cluster算法包 ， 然后使用clusplot函数绘制customer数据集的二元聚类图 ， clusplot函数的shade和color参数值均被设置成TRUE,得到一个彩色且带边框的聚类 。在得到的结果图中 ， 可以得知二元聚类使用了两个成分 ， x轴与y轴涵盖了85.01%的数据点 ， 数据点根据成分1和成分2的取值散落在图中 ， 同一簇内的数据点采用相同的颜色和形状绘制 。
我们还使用了rect函数来增加一个矩形框对给定x轴和y轴内的簇进行特别标注 ， 然后调用clusplot函数，设置好xlim与ylim参数的值，将被选中的簇放大到显示以便不好的观测簇内数据点的特征 。
R语言ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果那么圆形r语言go聚类图的树状图如何实现呢r语言go聚类图？r语言go聚类图我查找了一下相关资料 。
R语言包 dendextend 这个包可以实现r语言go聚类图，利用 help(package="dendextend") 查看帮助文档，能够看到其中的一个小例子
但是这个后期美化起来好像不太方便 。
还找到了一个参考链接是
介绍的也是dendextend 这个包的用法 。
这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果
把树的形状改为圆形，添加样本的名称
鸢尾花数据集是150个样本，用圆形的图看下效果
最终的结果是
这里关于最外圈文本位置的调整，r语言go聚类图我还的再仔细看看，这里出图后位置不太合适，我是手动调整的！
如何用R语言画如下图中的相关性以及聚类图形？1：直线工具画象默认特殊图层形状图层要栅格化才能调整
2：右击图层选择栅格化
3：Ctrl T进行自由变换
【R语言编程】---利用三代测序绘制菌群聚类热图与物种丰度图前言： 仍然是三代测序数据的分析，宏基因组的文章中经常出现聚类热图和物种丰度图，用来直观地识别与某些疾病或者表型相关的菌群构成 。
1.读取数据
一共有11个样本 ， 每一个样本的测序reads都经过Nanopore官方的Epi2Me程序鉴定了物种，下表中第一列是被鉴定的菌种，第二列是该样本中每个物种产生的reads数目 。
首先导入到R语言中，合并所有样本到一个数据框：
2.绘制热图
经过上一步，我们得到了列名为样本，行名为菌种的reads数据框，然后就可以绘制热图 ， 进行聚类分析了：
绘制结果：
3.绘制物种丰度图
丰度图 ， 其实就是堆积图，把每个样本的reads数目转换为百分数，然后作图就可以了：
绘制结果：
【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题 前面我给大家详细介绍过
?GO简介及GO富集结果解读
?四种GO富集柱形图、气泡图解读
?GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图
?KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图
?DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
?GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了 。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了，简直不忍直视 。经过我的认真研究，发现跟R版本有关 。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图 。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2 。
我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新 。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在 。
dotplot这个函数，多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示 。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示 。
是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道
同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌 。
关于如何使用R做GO和KEGG富集分析 ， 可参考下文
GO和KEGG富集分析视频讲解
关于r语言go聚类图和r语言聚类分析图的介绍到此就结束了，不知道你从中找到你需要的信息了吗 ？如果你还想了解更多这方面的信息，记得收藏关注本站 。

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