转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图 当富集分析完成,拿到如下的分析结果后 , 就可以进行作图了 。
富集分析结果的可视化无非就是柱状图和气泡图 , 但是公司默认出图实在是太丑 , 所以还是自己动手修改修改 。
一、常规柱状图(ggplot2)
横轴为gene counts,或者用-logP也行 , 填充相应的用P值或者gene counts 。ggplot画图的好处就是可以进行很多调整 。
二、常规气泡图(ggplot2)
气泡图与柱状图如出一辙 , 只是在展示方式上出现了差别 。一个用geom_bar()函数,气泡图类似于散点图用geom_point()函数 。
三、上下调同时展示(ggplot2)
很多时候研究者拿到差异基因后,上下调基因是分别富集的,在展示上需要同时体现二者 , 我们之前提到metascape可以做到: 转录组不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、KEGG富集分析工具,除此之外,之前讲过的气泡图也可以展现多组的结果: 复现《nature communications》图表(四):ggplot画多组富集气泡图。这里我们继续提供一种bar图的展示方式 。将down的数值调整为负 , 做一列分组 , 就可以展示了 。
当然了,以上所说的可视化还是比较常规,在基础上可以自己做调整 。也有一些文章总是标新立意,有很多奇特的展现方式 , 我们会在之后的系列中讲解 。
GO语言(十一):开始使用多模块工作区本教程介绍 Go 中多模块工作区的基础知识 。使用多模块工作区,您可以告诉 Go 命令您正在同时在多个模块中编写代码,并轻松地在这些模块中构建和运行代码 。
在本教程中,您将在共享的多模块工作区中创建两个模块,对这些模块进行更改,并在构建中查看这些更改的结果 。
本教程需要 go1.18 或更高版本 。使用go.dev/dl中的链接确保您已在 Go 1.18 或更高版本中安装了 Go。
首先,为您要编写的代码创建一个模块 。
1、打开命令提示符并切换到您的主目录 。
在 Linux 或 Mac 上go语言如何生成图表:
在 Windows 上go语言如何生成图表:
2、在命令提示符下,为您的代码创建一个名为工作区的目录 。
3、初始化模块
我们的示例将创建一个hello依赖于 golang.org/x/example 模块的新模块 。
创建你好模块:
使用 . 添加对 golang.org/x/example 模块的依赖项go get 。
在 hello 目录下创建 hello.go,内容如下:
现在,运行 hello 程序:
【go语言如何生成图表 go语言编写】在这一步中,我们将创建一个go.work文件来指定模块的工作区 。
在workspace目录中,运行:
该go work init命令告诉为包含目录中模块的工作空间go创建一个文件。go.work./hello
该go命令生成一个go.work如下所示的文件:
该go.work文件的语法与go.mod相同 。
该go指令告诉 Go 应该使用哪个版本的 Go 来解释文件 。它类似于文件中的go指令go.mod。
该use指令告诉 Go在进行构建时hello目录中的模块应该是主模块 。
所以在模块的任何子目录中workspace都会被激活 。
2、运行工作区目录下的程序
在workspace目录中,运行:
Go 命令包括工作区中的所有模块作为主模块 。这允许我们在模块中引用一个包,即使在模块之外 。在模块或工作区之外运行go run命令会导致错误,因为该go命令不知道要使用哪些模块 。
接下来,我们将golang.org/x/example模块的本地副本添加到工作区 。然后,我们将向stringutil包中添加一个新函数,我们可以使用它来代替Reverse.
在这一步中,我们将下载包含该模块的 Git 存储库的副本golang.org/x/example,将其添加到工作区,然后向其中添加一个我们将从 hello 程序中使用的新函数 。
1、克隆存储库
在工作区目录中,运行git命令来克隆存储库:
2、将模块添加到工作区
该go work use命令将一个新模块添加到 go.work 文件中 。它现在看起来像这样:
该模块现在包括example.com/hello模块和 `golang.org/x/example 模块 。
这将允许我们使用我们将在模块副本中编写的新代码 , 而不是使用命令stringutil下载的模块缓存中的模块版本 。
3、添加新功能 。
我们将向golang.org/x/example/stringutil包中添加一个新函数以将字符串大写 。
将新文件夹添加到workspace/example/stringutil包含以下内容的目录:
4、修改hello程序以使用该功能 。
修改workspace/hello/hello.go的内容以包含以下内容:
从工作区目录 , 运行
Go 命令在go.work文件指定的hello目录中查找命令行中指定的example.com/hello模块 ,同样使用go.work文件解析导入golang.org/x/example 。
go.work可以用来代替添加replace 指令以跨多个模块工作 。
由于这两个模块在同一个工作区中,因此很容易在一个模块中进行更改并在另一个模块中使用它 。
现在,要正确发布这些模块,我们需要发布golang.org/x/example 模块,例如在v0.1.0. 这通常通过在模块的版本控制存储库上标记提交来完成 。发布完成后,我们可以增加对 golang.org/x/example模块的要求hello/go.mod:
这样,该go命令可以正确解析工作区之外的模块 。
freemarker生成go语言主要通过以下几个过程生成:
(一)编写模板文件
(二)配置FreeMarker
(三)统一文件生成工具
(四)数据库操作
(五)封装填充数据
FreeMarker是一款模板引擎:即一种基于模板和动态数据,用于输出文本的通用工具 。
FreeMarker模板使用FreeMarker Template Language(FTL)编写 , 它是一种简单的、专用的语言 。
代码生成器的实现原理十分简单,就是根据数据库的某一个或多个业务表的结构,生成对应的Entity.java、Dao.java、Service.java、Controller.java、Mapper.xml文件
Go语言设计与实现(上)基本设计思路go语言如何生成图表:
类型转换、类型断言、动态派发 。ifacego语言如何生成图表,eface 。
反射对象具有的方法:
编译优化:
内部实现:
实现 Context 接口有以下几个类型(空实现就忽略了):
互斥锁的控制逻辑:
设计思路:
(以上为写被读阻塞go语言如何生成图表,下面是读被写阻塞)
总结,读写锁的设计还是非常巧妙的:
设计思路:
WaitGroup 有三个暴露的函数:
部件:
设计思路:
结构:
Once 只暴露了一个方法:
实现:
三个关键点:
细节:
让多协程任务的开始执行时间可控(按顺序或归一) 。(Context 是控制结束时间)
设计思路: 通过一个锁和内置的 notifyList 队列实现,Wait() 会生成票据,并将等待协程信息加入链表中,等待控制协程中发送信号通知一个(Signal())或所有(Boardcast())等待者(内部实现是通过票据通知的)来控制协程解除阻塞 。
暴露四个函数:
实现细节:
部件:
包: golang.org/x/sync/errgroup
作用:开启func() error函数签名的协程 , 在同 Group 下协程并发执行过程并收集首次 err 错误 。通过 Context 的传入,还可以控制在首次 err 出现时就终止组内各协程 。
设计思路:
结构:
暴露的方法:
实现细节:
注意问题:
包: "golang.org/x/sync/semaphore"
作用:排队借资源(如钱,有借有还)的一种场景 。此包相当于对底层信号量的一种暴露 。
设计思路:有一定数量的资源 Weight,每一个 waiter 携带一个 channel 和要借的数量 n 。通过队列排队执行借贷 。
结构:
暴露方法:
细节:
部件:
细节:
包: "golang.org/x/sync/singleflight"
作用:防击穿 。瞬时的相同请求只调用一次,response 被所有相同请求共享 。
设计思路:按请求的 key 分组(一个 *call 是一个组 , 用 map 映射存储组),每个组只进行一次访问,组内每个协程会获得对应结果的一个拷贝 。
结构:
逻辑:
细节:
部件:
如有错误,请批评指正 。
关于go语言如何生成图表和go语言编写的介绍到此就结束了,不知道你从中找到你需要的信息了吗 ?如果你还想了解更多这方面的信息,记得收藏关注本站 。
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